目标：消灭变异的克洛根战士与凯特族
随后，容器中的生物被释放，这只经过改造的克洛根战士被称为“巨兽”。它的防御极高，建议采用游走战术，保持安全距离，护盾受损后立即寻找掩体恢复。当凯特士兵出现时，暂时搁置“巨兽”，优先清理凯特族，之后再回头对付它。
目标：撤离凯特族飞船
离开执政官房间后，SAM侦测到附近有存活的克洛根人，他们正等待凯特族的所谓“提升”。同时，开拓者瑞卡发来求救信号。此时面临关键抉择：是营救克洛根战士，还是解救被围困的开拓者瑞卡。这个选择将决定谁会加入你的阵营。
目标：解救被俘的克洛根族人
选择营救克洛根战士后，与侦察兵贝塔克汇合，沿走廊前进，清除遭遇的凯特士兵。深处会遇到飞升者，建议先破坏其球体防护罩，再攻击本体。
使用终端解锁大门释放克洛根战士。尝试联系瑞卡未果后，率领获救的战士撤离至风暴号。
在风暴号会议室，海耶尔继任塞拉瑞族开拓者。德拉克感谢主角保全了他的侦察兵，虽然放弃塞拉瑞人令人遗憾，但挫败了执政官的计划，还获得了子午线的情报。
另一边，监督长质疑执政官过于沉迷子午线，强调任务本应是提升星团而非研究遗族文化。执政官坚持己见，声称拥有子午线后可将任何星球变为荒野，迫使居民接受提升或毁灭。
风暴号上，苏薇警告执政官可能通过网络截取了主角的记忆片段。主角表示无所畏惧，既然曾击败过他们，不介意再来一次。