第二章：残破的机魂
在与所有队友完成对话后，你需要决定星球上剩余生物的命运，这一选择将影响队友对你的评价。随后，找到帕斯卡询问沉思者机魂的运作状况，无论结果如何，你都将进入过场动画。
此时队友海因里希会暂时离队，同时解锁新的队友支线与差事。你需要使用指挥台，开始探索导航图右上方的落脚港。
旅途中会触发遭遇战教程。击败敌方舰队后，记得升级虚空舰，因为太空航行将不再安全。抵达落脚港后，总督代表会前来迎接，但由于星球正处于权力交接的动荡期，你将直接遭遇伏击。
战斗结束后，等待虚空舰恢复通航，期间可探索该区域。前往下一张地图的入口“中庭”，你会遇到因葬礼遗产引发的纠纷，大牧师希罗尼穆斯·多罗洛索正在调解，这将触发主线“黑帮集会”。
你需要向相关NPC（大副达根、棺材、卡斯·贝拉多、牧师、招徕者）询问细节。虽然牧师会告知来龙去脉，但最终由你宣布处置方案。
你有三种选择：将遗产交给子嗣卡斯·贝拉多；交给生死之交大副达根；或者据为己有。无论选哪项，遗产纠纷都会解决。
随后前往地图最北边的“总督的宫殿”。在此处见到弗拉迪姆·托卡拉总督并完成对话，期间会遇到潜在队友“婕伊”，触发主线“不受欢迎之人”。婕伊会邀请你共进晚餐并在办公室私聊，通过对话了解她的过往并解锁贸易选项。
剧情结束后，原路返回“中庭”将自动触发巴斯蒂安·库达尔被刺杀的剧情，清理现场敌人。
解锁新区域后，从中庭前往“阴影区”。探索该区域会发现星球正面临能源和粮食危机。击败反叛军并收集掉落的字条线索。
在阴影区寻找隐藏入口“阴暗的藏身处”，找到安维尔帮头目。战斗中会出现毒雾区域，需关闭附近的阀门以减少队友损失。
离开阴影区，前往下一张地图“殉难之魂”号。在地图北部找到舰队，再次遇到离队的队友海因里希。完成对话后驾驶船舰离开，在虚空舰上自动触发一系列剧情，本章主线至此结束。
