本支线故事从夜翼传来的警报开始，提示一艘监狱飞艇在越狱时坠入葛咸城海湾。蝙蝠侠迅速赶往现场，首先通过飞艇顶部的逃生口，利用绳索发射器穿过破损区，救出受伤的狱警。受伤者告诉他，某种类似鳄鱼的怪物正在猎杀他们——即所谓的杀手鳄。 随后蝙蝠侠爬上附近牢笼，使用Ctrl键+鼠标中键进行边缘攀爬，进入通风管并潜入警示牌所在的管道。在此处发现水浸的牢笼，救出第二名狱警，并获悉典狱长仍在内。接着发现管道泄漏毒气，使用遥控蝙蝠镖触发红色按钮，关闭毒气并继续前进。 随后两次使用绳索发射器到达第二个被水浸的牢笼，救出典狱长，却被杀手鳄抓走。蝙蝠侠随后使用爪钩进入监狱的活动室，与夜翼一同击退囚犯，随后进入控制室，寻找两张ID卡以打开内部监牢。两名狱警在飞艇坠落时已以降落伞逃往葛咸城。 最终蝙蝠侠发现监狱飞艇内部并非传统监狱，而是典狱长用来进行基因实验的实验室。典狱长利用杀手鳄的基因来尝试制造可以延长生命的药剂，实则成为真正的怪物。蝙蝠侠必须先击败杀手鳄——与对付小丑病毒的阿金相同，需关注左侧的计量槽以发动二人合击；随后利用接线盒解救典狱长，揭露其阴谋并终结实验。
