神堡支线任务全解析：扫描护工篇
此任务可通过两种途径触发：一是在神堡巨塔中心与科本交谈；二是在推进“贾赫德的恐惧”任务时，从科本或贾赫德处接取。全图共有21名护工需要扫描，每扫描一名都能获得经验值与星币奖励，任务完结后更有丰厚回报。建议优先完成此任务，以免在后续“贾赫德的恐惧”流程中导致任务中断。注：巨塔前的护工在扫描后可能仍显示扫描图标，此为原版程序的遗留问题，虚拟向导会拒绝再次扫描。
神堡支线任务全解析：阿莎丽灵姬篇
进入第二章后，前往灵姬会客厅与前台及莎艾拉对话即可开启。前往“科拉的洞穴”寻找塞普蒂默斯将军：若劝服失败，任务将直接消失；若劝服成功（不限技巧），他会委托你新的任务。返回灵姬会客厅复命时，若主动索要报酬，将触发剧情演出并获得+2叛逆值及奖励；若不索要，则获得+2楷模值，两者经验值与物资奖励相同。若此前已完成谢尔塔的控诉任务，莎艾拉会赠送普洛仙饰品，前往阿提卡B星云大力神星系的爱兰塔尼亚行星遗址，可挖掘额外故事并获取大量经验。
神堡支线任务全解析：谢尔塔的控诉篇
在阿莎丽灵姬任务中成功劝服塞普蒂默斯将军后解锁。前往沃勒人与艾柯人办公室找到谢尔塔对话，获得经验与星币，最后劝慰其达成和解可获得+2楷模值。建议优先完成此任务，以便在阿莎丽灵姬任务结尾获得额外奖励。
神堡支线任务全解析：魂归故里篇
塔莉加入队伍后，在使馆区门口与巴提亚对话开启。前往使馆区酒吧与办事员博斯克交涉：支持政府保留尸体可获经验值，并需回去劝服巴提亚，利用谈话技巧可额外获得大量经验与道德值；若使用谈话技巧索回尸体，同样能获得高额经验值回报。
神堡支线任务全解析：元环区先知篇
首次听证会结束后，前往卫区前的广场与争论中的C-sec警官及哈纳人对话。根据选择不同，可花费星币帮哈纳人购买证件，或利用谈话技巧帮助一方，从而获得经验值、医疗胶或万用胶，以及相应的道德值增减。
神堡支线任务全解析：贾赫德的恐惧篇
在C-Sec警署与贾赫德对话开启。前往与科本对话时，若未接取扫描护工任务，战胜科本后可选择处理方式；若已接取扫描护工任务，则需决定是否支持其研究。无论何种路径，最终与贾赫德的结算都包含送入监狱、接受贿赂或利用谈话技巧终止研究等选项，对应不同的经验值、星币与道德值变化。
神堡支线任务全解析：米歇尔医生篇
晋升“幽灵”特工后与米歇尔医生对话接取。前往莫兰的商店处理克洛根敲诈者，可选择战斗或利用高属性劝退。任务完成后不仅获得经验与物资，还能解锁所有商店的八五折优惠，并获得后续关键人物阿米斯坦贝恩斯的线索。
神堡支线任务全解析：仰慕者篇
首次听证会后，在上层区市场通往楼下的通道口与康纳德对话开启。这是一个分阶段的任务，随着星际任务的推进，康纳德会多次出现。第二次对话需答应其拍照请求才能继续；第三次对话若使用谈话技巧，可获得经验值与道德值奖励。
神堡支线任务全解析：记者的请求篇
与上层卫区的艾米丽王对话，或在击败“拳头”后在其办公室找到光碟开启。若未接任务先找到光碟，光碟会消失导致任务失败。完成主线击败“拳头”的情节后，在其办公室找到光碟交给艾米丽王，可获得大量经验值与星币，利用高属性还能额外索取报酬。
神堡支线任务全解析：丽塔的妹妹篇
首次听证会后，在“泛潮”酒吧与丽塔对话开启。需前往科拉的洞穴与珍娜对话，再去C-sec警署劝服奇林克接手案件，随后前往科拉的洞穴与贾克斯交涉。根据选择不同，可能触发战斗或通过谈判解决，获得道德值、经验、物资及随机升级组件。
神堡支线任务全解析：信号追踪篇
首次听证会后，在“泛潮”二楼赌场检查角落的可疑机器开启。需依次在卫区与元环区连接处、金融区银行及银行旁百货商场密室调查。最后需在限定时间内输入随机密码，根据时间紧迫程度不同，获得的经验值相同，但星币奖励会大幅递减。
神堡支线任务全解析：谢尔兹的扫描仪篇
成为“幽灵”后再次进入“泛潮”触发剧情，与谢尔兹对话接取。答应测试仪器后，可在赌场赢取五次完成测试，或赢取七次被老板没收仪器，甚至直接将仪器交给老板。无论哪种方式，完成任务都能获得经验值与星币奖励。