支线：谜语人-英格玛之谜
进入作为医疗中心的教堂，在幕布上看到谜语人的影像。他声称劫持了几名人质，要求蝙蝠侠解答谜题才会告知他们的位置。谜题：我是乐器，音乐源自我心，我是什么？解答：扫描教堂末端的风琴音管。
赶往所罗门韦恩之院，在外面遇到三名匪徒。其中一人呈绿色高亮显示，身上带有情报。战斗时最好将此人留到最后审问，可获得谜语奖杯的地点并标记在大地图上。今后遇到这类绿人皆可审问获取情报，避免将其击败。
从后门进入韦恩之院，解决匪徒后救下人质，从他手中获得一组数字。谜题解答：使用密码序列器破解广播频道，将坐标调整至横坐标275、纵坐标325附近，然后按鼠标左键进行破解。
从人质处获得一只盒子，这是英格玛解码器，可用于组合出各种单词。谜题：如果你知道我是什么，你就会想要分享我……。解答：组合出单词“SECRET”。注意：若使用年度版并安装了DLC“哈莉的复仇”汉化补丁，建议换用2.0版本的旧补丁，否则解码器可能出现故障导致无法触发剧情。
大地图显示下一谜语地点：教堂南边有一面涂有绿色问号的墙壁，旁边有两个“The Black Canary”霓虹灯牌。走到绿色问号前调查，砸破墙壁进入。在走廊看到谜语人的投影，前方门锁住，回身可见一只问号，用飞镖击打上面的开关。
进入大厅，看到滨崎医生被绑在空中的吊篮上。地面铺满踏板，其中三块带问号的踏板不通电，其余通电，由墙上三个问号开关控制。解答步骤：1. 用飞镖击打正前方开关，沿断电踏板走到左侧，站上第一块问号踏板。2. 用飞镖击打右侧墙壁开关，沿通道走到右侧，站上第二块问号踏板。3. 用飞镖击打身后墙壁开关，站上第三块问号踏板。4. 快速用飞镖击打前后两侧墙壁开关，沿通道跑到升降机上。5. 击打右侧开关启动升降机，飞到空中吊篮救出医生。
医生交给蝙蝠侠一组数字，使用密码序列器搜索广播信号，将横坐标停在625、纵坐标停在925附近，破解电台信号。接下来需要收集80只谜语人奖杯才能延续剧情。
收集80个谜语奖杯后，用英格玛解码器拼出单词“DARKNESS”，获得新人质地点。调查墙壁的巨大问号，进入房间与谜语人进行小游戏。站到中央踏板，人质会被转移到三只木桶中的一只，切换侦察模式查看其位置，用飞镖击打对应问号，跳过去解救。从人质处获得一组数字，破解谜语人的广播频道。
