四岛
在探索完前三座岛屿之后，冒险舞台终于延伸至第四座岛屿。在此阶段，首要任务依旧是展开地图并获取翡翠钥匙。与此同时，需与博士及神秘的白发少女维持良好的盟友关系。
随着剧情推进，博士开始与索尼克建立合作关系，双方决定并肩作战，共同直面那个曾毁灭这个世界的恐怖源头。
究极索尼克
首当其冲的强敌是“究极索尼克”。变身成为超级形态后，必须灵活闪避BOSS发射的黄色方块弹幕。
成功触发QTE反击环节后，集中火力攻击其头部弱点，即可完成压制。
此时，塞洁察觉到真正的威胁源自月球，于是接管了失控的究极索尼克身躯，与索尼克一同踏上征途，向“终焉”发起讨伐。
终焉
这场最终决战难度适中。玩家需驾驶飞船，在躲避弹幕的同时对BOSS本体进行射击。值得注意的是，我方发射的子弹能够抵消掉BOSS的弹药。
当BOSS释放激光扫射时，务必切换至另一侧规避，否则将遭受重创。决战尾声，塞洁发动终极技能，将索尼克作为炮弹发射出去。
巨大的冲击力在“终焉”身上炸开一个缺口。为了防止其死灰复燃，塞洁驾驶着究极索尼克与其同归于尽。剧烈的爆炸将其彻底粉碎，残骸化作流星划过天际。
随着威胁的消失，索尼克的伙伴们也恢复了原本的形态，只留下博士一人，独自在星空下目送这一切。
