舱门
舱门用于阻挡入侵者活动和防止火焰扩散，等级越高能力越强。损坏时无法控制舱门，需要2级才能发挥阻挡效果，派人操作可提升一级。这是舰船内部防御的重要系统。
应对火灾时，可派船员灭火，但除石头人外都会掉血。此时可打开最近气阀排空房间氧气，火会迅速熄灭。这是新手教程内容，务必掌握运用。
对抗入侵者时，同样可打开气阀利用真空消耗其血量。此时防爆门至关重要，能延缓入侵者突破时间，待其血量下降后再应对会更轻松。
若未升级舱门遭遇入侵，应立即派遣舱门系统附近船员前往（战斗时尽量不派驾驶员）。例如使用拉尼厄斯巡洋舰时，因其种族无需氧气且会抽光房间氧气，可将人类驾驶员留在舱门处，打开除舱门系统外所有门制造真空环境，再由拉尼厄斯船员消灭入侵者。
实用技巧：按Z键打开所有内部舱门，连按两次Z会开启气阀；按X键关闭所有舱门。真空灭火后，按X关闭所有舱门（含气阀），再按Z开启内门，只要氧气系统运行，真空房间会立即恢复气压。若火灾损坏系统，可立即派人修理。
电池
电池是高级版新增的后备能源系统，1级增加2格能源，2级增加4格，激活后持续30秒，冷却20秒。此系统使用频率较低，虽能提供额外能源保障，但若未留意结束时间，供能中断时易陷入混乱，建议资金充裕时考虑。
不过，电池与主动使用系统搭配效果显著。例如隐身和心灵控制系统在冷却时会锁定部分主能源，若使用电池供能可巧妙规避此限制，供能结束后系统会直接恢复正常。