黑客系统
高级版新增的实用系统，通过发射黑客无人机锁定敌方特定房间（达到防爆门级别），激活后对不同系统施加各类负面效果。
具体效果：锁定驾驶舱或引擎会使回避率归零；锁定护盾可逐步抽空能量；锁定武器会让充能进度倒退；锁定氧气会快速耗尽空气；锁定医疗舱会反向伤害船员；锁定克隆舱能杀死潜在克隆体并阻止新克隆；锁定传送器可将敌方成员强制遣返；锁定隐身系统会强制解除隐身状态；锁定无人机可暂时瘫痪并可能摧毁已激活单位；锁定心灵控制能解除己方控制并暂时控制敌方单位；锁定黑客装置可使敌方黑客暂时失效并可能摧毁；锁定电池会暂时锁住能源并额外锁定两格主能源。
实战中运用灵活，最常用策略是锁定护盾抽空能量后集中火力轰炸。需注意：4层护盾需3级黑客才能完全抽空，因此配备该系统后建议尽早升至3级，1级持续时间过短，2级勉强够用。
在登舰战术中，利用黑客锁门可困死敌方成员，避免其逃往医疗舱。但若对方有克隆舱，建议优先摧毁。
隐身系统
该系统价格较高，需150废铁购买，却是顶级防御手段。后期配备后能极大提升安全感，虽非必需但资金充裕时建议购置，不过无需为此倾尽所有资源。
使用要点：主要用于规避攻击和阻止敌方武器充能以实现先发制人。即使闪避率堆高，面对导弹仍可能心虚，开启隐身即可化解。关键技巧是勿随意启动，需紧盯敌方武器，在其发射后且尚未进入画面时激活，此时能听到闪避音效。应对BOSS的三连导弹和大招时此技巧尤为重要。
关于持续时间：仅需躲避攻击时1级足够，2级更稳妥（如应对BOSS二阶段大招及延长武器充能时间）。3级时长可规避BOSS三阶段首次三连导弹和首次大招，其他情况通常无需如此长的持续时间。
遭遇带隐身的敌人时，需知其隐身冷却完毕会立即启动，间隔约20秒。若你的武器充能时间在20秒左右，可能在发射后敌人恰好隐身规避攻击。此时即便武器充能完毕也应等待隐身结束再开火。