第一章-等级05：愿阿蒙与你同行（主线）
巴耶克必须离开锡瓦，继续追捕其余的面具人，特别是那个被称为“圣蛇”的神秘对手。
他的下一站是亚历山卓，艾雅正在当地追踪面具人的线索。她计划在大图书馆与其表弟会面，并委托赫波泽法转告巴耶克一个关键名字：“塞拉皮斯”，这是一位在希腊与埃及文化中都备受尊崇的神祇。
（注：此时巴耶克将动身离开锡瓦，但玩家之后仍可重返该地区）
视角回到现代，蕾拉从Animus设备中脱离，中断了对巴耶克记忆的同步。盖瑞医官提醒她必须关注身体状况，因为Animus设备已经开始对她的身体产生排斥反应。
蕾拉原本希望通过展现巴耶克在丧子后转变为杀手的经历（阿布斯泰戈一直将刺客组织视为残暴的杀手团体），以此说服公司高层允许她深度参与Animus项目。然而，盖瑞医官认为这种做法过于激进，断定蕾拉无法获得阿布斯泰戈管理层的批准。
尽管遭到反对，蕾拉仍坚持推进任务。无奈之下，盖瑞医官只能建议她注射环孢素以暂时修复身体机能。
步骤1：目前蕾拉身处巴耶克的墓穴深处。向墓穴底部探索，即可目睹巴耶克的遗体。
虽然墓穴外即是广袤的沙漠，但蕾拉的活动范围受到限制。在墓穴内部，她可以调查巴耶克的石棺、被风吹散在入口草丛中的文件，以及入口箱子上仅剩半格电量的手机。
完成调查并注射环孢素后，蕾拉将再次潜入Animus系统。
步骤2：蕾拉再次进入巴耶克的记忆。
此时的时间节点为公元前48年，巴耶克正位于亚姆（Yamu）周边区域。
当玩家进入第二章时，《刺客信条：起源》将解锁“商城”（Store）与“玩家复仇”（Nemesis）功能。
商城允许玩家购买额外道具或经验加成物品来优化游戏流程。初次使用时，玩家将获赠200点Hel点数（Helix Credits）。
玩家复仇系统则允许你帮助好友寻找并击杀杀害其角色的NPC。
