第三章：挑战Lowee的守护者
场景：zeca废墟2与路德下水道北区域。首先，从发射场返回planeptune家园。此时，异时空的Histoire传来关键数据：Neptune所在的Plutia维度与主世界存在显著时间流速差异，约为1:3的比例。这意味着Neptune在异界滞留时间越久，其本体衰老速度将越快。因此，Neptune必须加速归程计划（此时Noire也已归队）。
重返planeptune据点后，反派Abnes突然闯入，她指控Neptune、Plutia及Noire为罪犯，但三人对此不屑一顾。Abnes不慎失言，透露是她煽动Blanc针对Noire，察觉失态后仓皇逃离。
查阅信息栏可触发Noire、Histoire、cyberconnect2、神秘人（获赠松软光盘）及Mages的专属剧情。其中Noire的剧情将开启特殊试炼：对抗一只恢复力极强的婴儿病毒，每回合回血420点。即便是18级的Plutia，单次攻击也只能造成约15点伤害，因此战斗将十分漫长。
随后参与Nep新闻播报环节。前两次报道聚焦身高与药物话题，第三次则是经典问答：第一题询问Noire教导Neptune与Plutia的系统（答案：探索系统）；第二题关于Noire子民对她的尊称（答案：lady black heart）；第三题Noire治理的国度名称（答案：lastation）。
前往公会承接一系列任务，包括“主角必需品”、“挑战者”、“著名的那个它”、“拯救她”、“终极材料”、“波旁”、“商业之路”、“他们在移动”、“shampuru”、“shampuru的季节”、“地下城”、“蘑菇VS炸弹”及“元素火炮”。完成后返回planeptune，进入zeca废墟2区域。
zeca废墟2与前作地形完全一致，但敌人全部替换为shampuru（形似兔型的敌人）。击杀不同种类可完成“shampuru的季节”任务。在北部房间遭遇shampuru BOSS，其血量庞大且具备每回合恢复生命与SP的能力。使用Plutia的连招可瞬间吸收其全部SP，使其无法发动恢复技能。击败后完成“shampuru”任务。
穿越发射场时遭遇古龙，此时实力已足够挑战，击杀后完成“拯救她”任务。
返回lastation地区，东北部新增副本“路德下水道北”。Neptune虽不信Blanc会持续作恶，但Noire领地再遭袭击，使其不得不产生怀疑。
进入路德下水道北，地形与流浪者洞穴极为相似。需注意避开中部传送门，否则将被送回入口。在一层出口桥上遭遇元素之龙BOSS，其实力远超古龙，无法回避，必须正面交锋。该BOSS免疫元素攻击，常规手段伤害有限。
在二层尽头触发剧情：三人误入Lowee境内，遇见该维度的Vert。与热情版本不同，此Vert态度冷淡，似乎暗藏阴谋，正密切监视其他国度的CPU动向。
