第六章：一起思考
第一节：场景位于银河之盾。要推进主线任务，首先需要前往公会领取名为“错误任务：你好？”的委托。
前往Gigo主入口或Gigo深处，找到Kupo猫人并击败五只即可完成任务。随后在信息栏与Nepgear、Falcom、RED、Tekken、Mages进行剧情对话。前往Leanbox的信息栏，也可触发与同伴的剧情互动。
剧情进展：Anonydeath策划了一次性解决所有CPU的阴谋。与此同时，家中出现一名自称是Peashy父亲的神秘男子，Peashy坚持要跟他离开。
Step 2：进入Nep新闻站，第一则是话题新闻，第二则是卖药广告。第三是问答环节：第一题Neptune最爱的食物是布丁；第二题未被掳走的小孩是Deco；第三题七贤众中自称Selt-proclaimed Idol的是Warechu。
Step 3：回到公会领取“嫉妒任务：可憎”，前往国际工厂消灭5只Inky和5只Ms. Inky，完成后主线继续。
Step 4：返回Planeptune家中，Noire等人正设法营救Peashy。此时Abnes破门而入，表示无法容忍拐骗儿童的行为，决定弃暗投明，并告知七贤众秘密基地的位置。
Step 5：前往Lowee，西南部会刷新名为“银河之盾”的副本，即七贤众基地。首先是基地走廊，一直向北尽头后右转进入熔岩区域，在东西向道路上会遭遇火狼BOSS，该区域怪物多为火属性，用水系魔法可轻松应对。随后进入银河之盾2层。
Step 6：在二层尽头再次面对坏蛋先生，将其击退后得知，常跟随他的鲶鱼实为被抓孩童所变，这导致CPU们无法战斗。众人只好暂时撤离七贤众总部。
Step 7：外出时，一名从未见过的黄心CPU出现，她极为狂妄，声称要替“爸爸”出头。黄心血量极高，单次技能可造成2500点伤害。建议先让Plutia吸收黄心的SP以削弱其输出。战败后，黄心毫发无伤，并使出杀手锏击倒白心、虹心、绿心、紫心和黑心。
剧情：战败后众人垂头丧气地回到家中。电视新闻报道，七贤众连同新出现的CPU黄心宣布自立门户，开创全新国度——伊甸！CPU之间的战争即将再次爆发！
