最近外媒PCGamer报道，《半条命2》早期设想与最终成品存在显著差别。编剧Marc Laidlaw表示，游戏剧情与首作中的黑山研究所并无紧密关联。早期构想中，地球将受到多种外星种族的袭击，其中蚁狮种族被设想为更关键的角色。
工程师David Speyrer透露，最初的设定包含三类外星生物：战士、昆虫和间谍。除此之外，还计划了一座类似布拉格的都市，后演变成我们熟悉的17号城市。
关卡设计师David Riller回忆，初期团队抱负十足，规划了四座主城区——布拉格、耶路撒冷、芝加哥和洛杉矶，并设想了极地基地、水下基地、破冰船以及一个飞机撞击高楼的场景，后因9/11事件被移除。他还提到在荒原中还原了联合军基地、火车站等元素。