《幕府将军2》将玩家带回十六世纪的日本战国时期，这是一个群雄割据的动荡年代。众多大名为争夺土地与统治权展开激烈角逐，玩家将扮演一方大名，通过培植亲信、组建军队，运用外交、经济和暗杀等策略，实现四个胜利目标：消灭敌对家族、家族存续七十年、占领四十个藩国或统一日本。游戏提供九股势力选择，包括毛利、武田、织田、北条、岛津、今川、上杉、叛军和足利幕府，各方势力拥有独特的根据地和军政优势。
在这个变幻莫测的时代，由荷兰和葡萄牙传入的火枪尚未普及，战场仍由武士的血肉之躯主宰。游戏注重战场细节，同屏作战单位控制在40个左右，每个单位都有明确用途和升级选项。角色通过甲胄颜色和背后旗帜进行区分，便于识别。此外，亚洲特有的人物崇拜和筑墙传统对战役产生实质影响，每座城池都设有五层防御体系，临海或依山的筑垒地域还能获得额外防御加成。
全战系列经典的海战场面在《幕府将军2》中得到延续，战船均由桨驱动，无需考虑风向影响。海战主要模式是弓箭手对射，随后通过抛掷抓钩展开接舷战，决定胜负。
与系列前作不同的是，《幕府将军2》首次引入多人模式下的组队对抗，最多支持八名玩家。每方可使用特定人物形象，获得的经验值可为所扮演的角色升级。
