找到总控大脑（Find the Master-Brain）
玩家将进入一个紫绿色细胞区域，在穿越第一道山门后，开始对该区域进行探索。首要任务是获取底层的钥匙卡。
建议先探索最高层的房间。进入后，利用眼镜功能寻找隐藏的按钮。无论是发现红色线按钮还是绿色线按钮，互动一次后系统都会报错。
此时需要击杀敌人，随后调整眼镜频率，继续寻找另一种颜色的按钮。按照电钮的提示操作，即可找到门禁卡。
利用这张卡打开之前大厅底层的房门，通过电梯抵达该处，探索第二道门。在这个房间里会遭遇大量精英敌人，需寻找掩体进行射击。
清理完所有敌人后，解锁控制台，互动后等待队友协助打开另一扇门，并继续清理剩余敌人。
前往中层房间，这是一条通往东侧尽头的主路。沿道路前进，清理敌人后进入飞船的飞行舱。
在飞行舱遭遇巨型变异兽，直接射击可造成伤害。注意躲避其投掷的高速冰片，以免受到重创。战斗中，变异兽在承受一定伤害后会化为泥水，此时会出现大量小怪，需要优先清理。
经过3-4轮形态转换后，即可成功击败变异兽。随后使用战场左侧房间的升降梯前往总控大脑所在房间。
跟随紫色提示点前往总控大脑的4处神经节点。摧毁方法如下：留意上方的数字计时器。当数字为绿色阶段时，神经节点会召唤敌人，需做好防御；当数字进入黄色阶段时，应全力集火攻击绽放的神经节点，清理完一处后敌人会瞬间消失。若计时结束仍未清理完，则任务失败。
清理完4处神经节点后，观看游戏结尾剧情，至此《闪回2》的主线流程全部结束。
