潜入开发中心时，由于黑岩的真实身份尚未完全暴露，玩家在进入时会遭到警卫的阻拦。
击退首批敌人后，海藤与东会留守原地，玩家需与杉浦继续深入探索。
抵达二楼将触发第二场战斗，与杉浦联手对抗黑岩的副手。
战胜对手后继续追击黑岩。在寻找门禁卡的调查环节中，别忘了搜寻最后一只野猫的踪迹。
通往通道所需的门禁卡，就在一名警员的身后。
获得门禁卡后推进剧情，通往开发大楼的通道已被黑岩破坏，无奈之下只能再次通过地下车库进入。
在地下车库会遭遇手持电棍的警卫益子，其攻击模式与以往保持一致。
终于在开发大楼内找到了被黑岩挟持的生野。
利用警卫攻击黑岩的间隙救下生野，但杉浦因此负伤。八神被迫独自一人直面黑岩。
最终决战即将打响。
当黑岩血量降至约半数时，战斗场景会发生变化，双方转移到大楼的开阔区域继续交锋。
场景中散布着大量可利用的道具，如椅子和沙发等。
首次清空黑岩血条后，他会使用补给品进行回复，战斗随即进入第二阶段。
二阶段的黑岩几乎全程保持霸体状态，且攻击力极高。
作为最终战，无需吝啬资源，尽情使用之前积累的各类神药和补给品进行压制。
击败黑岩后进入剧情，中枪倒地的黑岩已被警卫射击，陷入疯狂的生野决定在自己身上进行最后一次实验。
与此同时，木户也在法庭上坦白了他“刚刚得知”的内情。
新药的副作用竟然是致命的，死者的眼球会变为蓝色，这也正是“神室街挖眼案”的真相。
最终，在多方协助下，八神战胜了生野一派，绫部和大久保也被无罪释放。
本作的主线剧情至此完结。
保存通关存档后，玩家可选择在主菜单继承存档进行自由探索，或开启新一轮游戏。
