主线剧情：清除与新的起点
接下来要做的就是继续探索，前往星系中心或是完成“阿特拉斯之道”。
在旅途中会收到阿波罗与无名的讯息，对阿特拉斯与整个游戏世界有了更进一步的了解。
沿着导航穿过黑洞，若遇到阿特拉斯空间站，可顺便进入获取蓝图。
随着前进，你会收集传送门符文，累计到16个后会出现导航，指引前往通向阿特拉斯的传送门。
修复传送门后进入，随后被传送到未知星球。
一段时间后开始倒计时，执行代号“16”。
请务必将各类初期材料（如“铁氧体碎片”）转移至背包，后续将会用到。
倒计时结束后，你将抵达即将毁灭的阿特拉斯面前。
连续发出六声呐喊后，做出最后的决定。
此时只能在“通过中心”和“拒绝阿特拉斯”之间做出选择。
选择通过中心即妥协，重置阿特拉斯宇宙并获得“最后的探索者”称号。
拒绝阿特拉斯则允许其毁灭，但仍可继续游戏内容。
选择重置后，沿着出现的道路向前。
四种颜色的球分别代表不同类型的星系。
红色：更危险，燃烧或熔岩星球较多。
绿色：更安全，繁荣星球较多。
蓝色：更危险，寒冷或冰冻星球较多。
浅蓝色：相对平衡，与当前星系略有偏差。
做出决定后即载入新的星系。
你会出现在新的星球上，除了技术栏位里的配件外，所有配件都会损坏，需要进行维修。
若资源不足，只需近战攻击周围植物，获取足够的碳。
随后制作碳纳米管即可修复分析面甲，重新找到飞船。
修复飞船后前往外太空，与异象空间站内的纳达、保罗对话，完成任务。