本篇为单桅船为主的船体构造介绍，其他多桅船在本质上与单桅船相同，只是部件数量或位置不同。
船如同车辆，锚相当于点火/熄火装置，舵轮就是方向盘，帆的角度和升降则决定船速。起锚需要推动绞盘（Capstan），单人推很慢，集体推能加快速度。大船上绞盘通常有三个把手，更多桅船则有四个。
在大船登岛时通常收帆而不是放锚，放锚后起锚会更费劲。若敌方是大船，可派人登船夺其锚，使其短时间无法行动，便可在其炮火死角进行打击。
放锚按住交互键即可完成。单桅船绞盘位于舵轮后方，单人可操纵；多桅船绞盘位于船中部，需配合。船舵轮旁的语音指令包含“放锚”“收帆”“调舵角”等，便于操作。
舵轮中心把手形状不同，失效时转动更费力。舵轮受损时转柄会变得沉重，绞盘受损则手柄减少。舵轮损坏需用木板修复。
舵角的半转（Half‑Turn）能在短距离内大幅改变船速，常用于快速转向或调速。
帆的升降由帆升起与降下操作控制，帆升起时可调角度加速。收帆时，若帆未降完桅杆会倒下，帆机动性失效。
在起锚时，常将帆调正并竖直射炮，攻击船帆顶杆可直接让桅杆倒下。
在船底的资源仓库里存放木板、食物和武器等资源。木板用来修补船体破洞，食物若放置时间过长会起火，必须有人监控。
大炮是攻击工具，炮弹可以在各级洞中击中，造成进水。大炮的射速与火力取决于炮台位置与帆的角度。
在船体结构上，洞口的深浅决定进水速度，水位越低船越能存活。木板能填补洞口，起到回复作用。
船的血量可视为水位，木板则是修补药水。若船上有小洞，补洞更重要；若水位已接近甲板，则先排水再补洞。
舵轮、绞盘、桅杆受损后也会影响船速与操控。绞盘损坏导致人手不足；舵轮损坏则转动更费劲；桅杆损坏三次后倒塌，帆机动失效。
若船起火，可使用底部水桶装水灭火，水桶最多可存三桶水，超量时进入船内但不致沉船。
船上厨房用于烹饪肉类，食物放置时间过长会着火。酒桶位于厨房附近，用于续杯。
船上自定义宝箱包括装备、服装、装饰等，所有形象改动需在贸易站码头完成。
地图桌与任务桌分别位于不同桅船层级。任务桌用于投票、接收传奇存档点读档物品；地图桌用于航向确认和标记航线，标记数量有限。
地图显示联盟船位置、死神之骨特使船（红色三角旗）以及挂印船（红色长方形骷髅旗）等，玩家可据此判断交战风险。
船灯默认开启，但许多玩家起航后会关闭甲板灯，以降低被远处玩家发现。船灯也可用于存储命运之火，Thieve's Heaven 等任务中极为实用。
船体受到炮击、碰撞、火山、巨牙鲨咬等行为后会出现洞口，水位若到达甲板则沉没。木板可修补洞口，恢复船体。
损伤分为小洞和大洞，小洞进水慢且修补快，若再受损则变大洞。大洞修补时间长且在修补期间易被炮击。
在激战中持续补洞比单独排水更为重要，除非船即将沉没，此时集结人员先排水后再补洞。
船底绞盘、舵轮和桅杆若受损，也会影响起锚与转向，均可使用木板修复。倒下的桅杆需先升帆再钉木板，否则再次放帆会使桅杆再次倒塌。
在某些情况下，单桅船玩家会主动倒桅杆以防被他人发现，方法是将帆升正后向顶杆开炮。
船灯可点燃命运之火，右键举灯再按R键设灯火，F键则可取走灯火，常用于诅咒要塞与雅典娜大逃杀等任务。
船底水桶可装水灭火，最多装三桶，满后续水进入船内。战斗中若船仍有洞，可留一桶水以便灭火。
厨房用于烹饪肉类，若食物放置过久会起火，需有人监控；酒桶位于厨房附近，酒杯喝完后可到此续杯。
船上多种自定义宝箱（装备、服装、装饰等）可在贸易站码头进行改造，以打造个性化船只。
