E结局是游戏中的真结局。玩家需要在D结局之后开启新的一周目，当第二次进入崖村并击败Boss后，与凯妮进行互动即可触发E结局的流程。
在后续的流程中，玩家需要操控凯妮完成游戏，最终达成E结局。完成该结局后，游戏会恢复至D结局的存档点，方便玩家继续收集要素或完成其他奖杯。
在结局的高潮部分，所有的复制体团结一致，共同对抗最终的阻碍。
凯妮与主角之间深厚的羁绊，以及朋友间的情感，汇聚成一股足以粉碎所有阻力的强大力量。
我们活着的意义，应当由自己来定义！凯妮终于找回了她所爱的人，而复制体们也获得了真正的自由，禁锢人类的格式塔被彻底摧毁。
随着剧情推进，之前的存档得以恢复，人类世界也迎来了新生。
E结局对应的奖杯名称为Hex编码，翻译成UTF-8后为“記憶サーバー”，中文意为“储存服务器”。而结局描述的编码翻译后是“ヒカリガミエル”，寓意着“光芒仍在”或“希望仍在”。这似乎也在暗示，在《尼尔：机械纪元》的世界中，希望依然存在。
