《细胞迷途》这款游戏的剧情设计颇具深度，其世界观设定宏大，通过精良的美术风格进一步增强了故事的感染力。游戏中的每个场景都蕴含着丰富的背景信息，揭示了世界演变的缘由和过往历史。
尽管剧情世界观宏大，但玩家体验剧情的方式主要是以旁观者视角进行。所有剧情事件都是既定发生的，玩家通过查阅怪物资料、观看回忆片段等方式来了解故事。然而，玩家实际能做的只是不断向前探索，寻找那个持续呼唤主角的存在。
从剧情角度来看，主角几乎未参与任何实际行动，也缺乏明显的剧情转折或渐进式困境。由于主角无法言语、没有内心独白，且并非人类身份，这使得玩家难以对其产生情感共鸣。
直至结局，玩家仍难以理解游戏希望通过主角传达的核心思想。虽然游戏中埋藏了伏笔，且传闻存在真结局，但要玩家重新体验那些刻意延长游戏时间的关卡，意愿普遍不高。真结局或许只是彩蛋性质，或为结局提供另一种解读，而非用来补充正常流程中本应交代的内容。况且，正常流程的剧情篇幅已经相当有限。
游戏中还通过漫画形式来解释剧情，但这些漫画主要讲述的是过去科学家的日常生活和决策过程。这种设计让玩家更容易对科学家角色产生同理心，相比之下，对主角的刻画则显得极为单薄。这种叙事手法虽然稳妥不易出错，但也难以给人留下深刻印象。