第三章：罪与罚
回到大理寺后，发现武则天已将三起命案的卷宗与证物悉数带走。与司马直对话可获得临摹纸条，用于推进剧情。狄仁杰察觉其中必有隐情。随后向仵作询问，可获得丝绸花瓣，并得知丝绸商耿万的线索。
前往集市寻找丝绸商耿万，打探花瓣的来历。此番对话将引出其学徒古川。
集市旁的小吃摊主对古川颇有好感。她的猫爬上了篷布，需先解决这一难题。收集桌边的猫粮，并在左侧小巷找到雨伞。将猫粮与雨伞组合，再点击猫正下方的凳子，即可引诱猫咪下来。作为回报，摊主透露古川曾撕下告示。调查告示可得耿万可能在戏院的线索。
若此前调查过临摹纸条，地图将解锁集贤书院。与书院内的读书人交谈，他们会让你猜谜，谜底为“灰尘”。在书架上找到《灰尘集》交给他们，他们会告知曾将相关书籍交给了集市的卖花女。
返回集市，卖花女因遭遇车祸而失忆，起初并不承认。需不断提示她，帮助其恢复记忆，从而获得关键信息，推动剧情发展。
前往戏院与看客对话，获得字条，剧情升级，地图上将出现古川的住所。
在古川家门外调查蔷薇花，再次点击可从土壤中获得木把手。将把手装入木门开始解密。根据戏院字条提示，需在三次旋转内达成指定数字：第一排和为5，第二排左侧和为3、上方和为7，第三排左侧和为4、上方和为9。正确顺序为：左顺时针，右逆时针，左逆时针。
进入房间后，获得桌上的粉色丝绸及箱中的字条，剧情升级。
返回书院取走小木牌，再次找到卖花女，出示粉色丝绸、小木牌和临摹字条，助其恢复记忆。剧情升级，狄仁杰得知武则天已被骗出宫。
赶往山隘，发现身受重伤的姚护卫。她指出凶手亦被刺伤，逃不远。前往旁边有血迹的山谷。
循着血迹找到受伤的古川，真相随之浮出水面，他交代了杀害三名女子的动机。死后从其身上获得钥匙。
将钥匙插入锁孔，按“土、火、水”的顺序输入密码打开大门（此密码源自客船绿灯笼的提示）。
进入密室与武则天对话。前往最右侧密室，从石俑身上获得特殊木板。返回山隘入口，从破旧马车处获得木棍。使用木棍开启武则天牢房旁的机关，将特殊木板浸入流水中，获得密码“水、火、金”，输入后救出武则天。
武则天向狄仁杰揭示了锦蔷薇的秘密，并未杀他，而是留他在身边继续辅佐。故事至此完结。
