序章：希望的妹妹与希望的战士
道具收集：无
苗木困独白：听说地球是圆的，但这只是所谓的常识。我从未亲眼验证过，就像这世上大多数事情一样。我的世界其实很小，仅限于这间两房一厅的房子。不过，这并非我自愿，而是我被监禁于此。我叫苗木困，苗木诚的妹妹，一名普通的女高中生，却过着极不寻常的生活。
剧情：被囚禁一年半后，苗木困已习惯了这种生活，但为了保持希望，她每天依然穿上校服。她深知希望之后的绝望有多可怕。这天，早餐时屋外传来巨响，一只疯狂的黑白熊破门而入，向她袭来。
步骤1：利用餐桌作为掩护躲避黑白熊的攻击。逃出屋子后发现走廊四处起火，只有右侧走廊没有火墙阻挡。到达电梯口时，遇到了未来机关的十神白夜。他将骇客装置交给苗木困，并指示她作为待援者前往对面大楼的简餐店待命，自己则独自对抗楼内的大批黑白熊。
步骤2：街道上到处都是黑白熊袭击人类的事件。苗木困进入简餐店，却发现店员和顾客都若无其事，店员甚至报警称她可疑。随即大量黑白熊涌入餐厅杀害了顾客。苗木困必须使用十神白夜给的骇客装置消灭店内的大约六只黑白熊。
剧情：通过电视，苗木困看到一群自称希望战士的孩童闯入电视台，戏弄新闻主播的尸体。他们宣称黑白熊由他们控制，目的是消灭所有成年人，建立一个由儿童统治、仅供儿童享乐的乐园。
苗木困独白：一年多前，世界因一起事件而颠覆。开端似乎是某所学校的学生运动，但真相被隐瞒，当世人发现时，已演变成波及众多地区的严重事件。事件始于“希望之峰学园”，其规模和形态不断变化，最终将世界推向绝望。犯罪率飙升，演变为无谓的战争，世界被绝望笼罩。即便如此，我仍对自己的世界抱有信赖。直到7名同学死去，我仍安慰自己没问题。直到陌生男人闯入家中，将我和家人分开，我的世界彻底崩塌。被监禁一年半后，我已成为高中生，本以为已接受绝望，习惯监禁生活，但等待我的却是更深的绝望。我现在才明白，或许根本不该抱持希望。
步骤3：找到十神白夜提到的餐厅接头人，他身负重伤，示意苗木困前往公园，自己则独自面对接踵而至的黑白熊。沿街向右直行抵达公园，与未来机关探员汇合。探员介绍了“人类史上最大最恶绝望事件”和塔和市。该事件由超高校级的绝望引发，导致世界濒临崩坏。未来机关因此成立。塔和市由世界知名IT企业支配，建于填海土地上。在政府功能丧失后，塔和集团独自统治该市。事件期间，塔和集团开发了能过滤毒气的空气清净机，使该市几乎未受事件影响。
剧情：苗木困与未来机关探员遭黑白熊围攻，虽独自登上直升机，但直升机被黑白熊控制而坠毁。苗木困侥幸爬出机舱，却被街上的黑白熊包围，最终因伤势过重晕倒。
苗木困苏醒后，遇到了自称仆役的狛枝凪斗。他出于某种目的，在塔和市小学生暴动中故意被抓，成为五位小学生的仆役。他慷慨地将骇客装置还给苗木困，要求她不要透露枪的信息，并表示她需通过测试。
步骤4：仆役离开后，苗木困检查房间内的绿色丝带礼物包，获得“强制启动”言弹（无限言弹，用于启动装置，而坏言弹有数量限制，用于击杀黑白熊）。到门前按F键切换为“动弹”，对着绿色灯光装置发射以打开闸门。沿途射杀几只黑白熊，在楼梯间（铜雕前）射杀一只血量较厚的黑白熊，然后走上通往上层的楼梯。
剧情：在大厅内，苗木困遇到五名自称希望战士的孩童。他们的疯狂源于一名坐在轮椅上、名叫最中的孩子，她能操控黑白熊。他们与苗木困举行超小学生级的班级活动：希望战士击败魔物，由苗木困扮演魔物。她被戴上会自爆的手镯，获赠一顶降落伞，然后被从建筑物上推下。原来这建筑是一艘飞船！赶走苗木困后，最中暗地表示“拼图凑齐了，只需等待绝望之门的开启”。
