第三部分-铁壁要塞
返回基地带上理查德。在周游道开启红耀之门，进入雷斯顿要塞。目前只能进入研究楼，进入后会遭遇希德中校。希德在SC中交手过，这次实力变化不大，虽然物理攻击很强，但发动大魔法的时间依然很长，注意打断，千万别让他放出全屏魔法。此战要防备冻结状态。
战斗后获得兵营钥匙，进入兵营。兵营内有游戏唯一的魔兽宝箱，得到B-01钥匙。接着去南边与凯诺娜交战，特务兵威胁很大，建议优先消灭。战斗后获得司令部钥匙，进入司令部。司令部1F有星门12，理查德在队时可直接进入。
【星之门12】讲述理查德离开军队后在卢安的经历。奖励10000米拉和回路谍报。
图中的两把钥匙是继续前进的必需品，务必先拿到。2F终点有石碑，继续前进触发BOSS战，对手是摩尔根将军。摩尔根将军攻击带气绝，务必注意。此战可用时间加速·改和时间减速，能有效提升效率。
胜利后继续前进。玩家应能猜到下一个对手是谁，注意让参战队员等级达到120，并调整好装备和回路，下一个对手不会使用异常状态攻击。
BOSS战对手是卡西乌斯单枪匹马作战，每名可控角色都与他有或多或少的联系，带不同队员会触发不同对话。卡西乌斯的普通攻击伤害很高，S技和战技也很恐怖，战斗初期建议用星杯领域防守，之后专门一名队员负责补墙，让理查德担任主力，连续使用光鬼斩就能较易获胜。
战斗后别急着离开，雷斯顿要塞的飞艇坪现在开放，里面有宝贵的回复CP饰品——超斗魂腰带和超斗魂扎头巾。
第四部分-黑色方舟
返回基地带上约修亚，前往艾尔贝周游道开启最后一个门——黑曜之门，来到古罗力亚斯。按A-B-C-D-E顺序走，注意收集沿途宝箱并调查星门13、太阳之门⑤，到C点先救基尔巴特拿到最新的安全卡片，再去机库。
机库内触发BOSS战，敌方会用黑暗状态攻击，注意防御。胜利后乔斯特的S技“山猫号”会强化（无论是否在队都能强化。若之前没通过太阳之门①学会山猫号，这里会直接学会山猫号II）。继续前进将同时面对三位执行者，做好准备。首要防止的异常状态是气绝。
三位执行者作战方式不同，建议先打会多种异常状态攻击的布鲁布兰，再打会用回复魔法的露西奥拉，最后解决瓦鲁特。注意每个敌人都会S技（开场最好放星杯领域，瓦鲁特第一次出手就会用S技），务必随时回复。部分队员与三位执行者关系深厚，科洛丝、奥利维尔、金、雪拉扎德在队会有不同对话。
战斗后经过传送阵进入第六话BOSS战，请做好防护气绝、冻结、混乱的准备。黑骑士战斗方法与FC和SC的莱维区别不大，建议先打死旁边的D·幻影，再跟黑骑士和分身（最多两个）作战。唯一需要注意的是别让驱动中的回复被打断。没必要攻击分身，分身即使打死了也会继续召唤，因此只需全力攻击本体即可。
战斗胜利后传送阵变成星门14（目前进不去）。艾尔贝离宫的结界解除。第六话结束。