终章 历经磨难 终达彼岸
终章开启后，前往大树下的书架可获取利贝尔通讯02年后期至03年前期（SC部分），其中包含游戏流程中不会获得的期数，详细记载了方舟事件的解决始末。若此前已收集全部书籍，此时可获得饰品“翡翠头环”，能防止所有状态异常并大幅提升能力值。
PSP玩家在终章开始后，可在庭院的泉水处获得回路。战斗次数超过300次且逃跑0次，可获得“神镜”回路（地6火8空4，50%几率反射物理攻击，最大HP-20%）；战斗次数超过300次且逃跑300次，可获得“魔镜”回路（水8风6幻4，50%几率反射魔法，最大EP-30%）。
终章开始后，凯文不再作为常驻队员，玩家可自由编组四名角色。与塞雷斯托对话即可开启新地图“深渊”。深渊内敌人经验值丰厚，由于最终决战需全员参战，建议通过深渊将所有队员等级提升至130级（虽有资料显示未达130级亦可，但要求最终四支队伍中每队至少有一名主力角色达到130级，否则初期战斗会较为艰难）。
深渊结构为直线路径，需注意第四个BOSS大天使羊的出现条件：击败前三个BOSS后，若未通过深渊入口的石碑传送，大天使羊将出现在深渊终点。由于无法使用入口石碑传送，首批队员需一路前进至终点前的星之门15才能返回据点。前三个BOSS难度较低，多数队伍配置均可轻松通过。
首个BOSS会使用带气绝效果的魔法“苍白地狱”，弱点为幻属性。第二个BOSS可能使用即死攻击，建议开场爆发S技清理。第三个BOSS会冰冻攻击，建议开场爆发S技清理小怪。继续前进可见最终门“星之门15”，建议调查后返回据点，带上玲和科洛丝，直接传送至星之门15。
【星之门15】队伍中有玲方可进入，此段剧情不同版本内容各异，具体问题此处不赘述，建议有疑问的玩家体验零之轨迹，其中对此有明确解答。
继续前进遭遇深渊第四个BOSS大天使羊，直接使用科洛丝的第二S技“圣星光旋”可秒杀。建议开场用数字键抢S。由于天使羊回避率与防御力极高且魔法无效，科洛丝的圣星光旋（物理攻击、魔法计算）效果显著且伤害极高（未装备减少ATS的回路时均可秒杀），其他角色在堆高STR后使用满CP S技也能造成可观伤害。但凯文的魔枪洛亚、圣枪乌尔及理查德的残光破碎剑均含魔法属性，对天使羊无效。深渊每击败一个BOSS可获得一块塞姆里亚石，与塞雷斯托对话可制作最终武器，继承存档的玩家在第六章开始时已制作，未继承3rd存档的只能此时制作。
出发前请开启剩余的所有门。
【太阳之门③ 里·武术大会】（噩梦难度）持深渊宝箱获得的里·武术大会参加许可证进入，此为四连战，对手强劲，需组建最强队伍挑战。胜利后获得20000米拉和魂之理（回路，战斗中自动减EP补充CP，唯一可自动回复CP的回路）；PSP玩家若带亚妮拉丝挑战，胜利后武器利剑“迅羽”将强化，强化后属性优于塞姆里亚石制作的武器。
【太阳之门⑤】需持有全部种类的耀珠方可进入，为问答小游戏，问题涉及轨迹系列细节，考验玩家细心程度。PSP版追加Maniac难度，奖品为刻耀珠（驱动3，驱动时间减少95%，STR/DEF降低20%，ATS降低15%）。
【星之门13】需战斗胜利400次方可进入，若不刷深渊怪则难以达到，实在懒得打可用修改工具。门内可查看帝国游击士协会遇袭事件的调查报告，时间大致为FC前后，可了解卡西乌斯离家后的部分行动。奖励10000米拉和防具狩猎重铠。
【星之门14】完成其他所有门后方可进入，可窥见结社幻焰计划的端倪。奖励30000米拉和饰品炽煌之冠。
准备就绪后，为全部16名队员配备装备与回路，与塞雷斯托对话选择“前往影之国”继续推进。剧情后分组，凯文和莉丝与另两名队员走大门，其余12名队员四人一组走左、右、正三门，四门将同时发生BOSS战。大门难度较高，另三门难度相近，建议每队配备一名全屏S技角色和一名回复角色。特别提示：若提妲使用“导力装甲”参战，请勿走正门，前方BOSS会使用即死攻击，导力装甲无法防御；玲遇到高达系敌人会兴奋；阿加特与神龙有特殊对话等。
分配完毕后继续前进。玩家可自行选择左、右、正三门的攻略顺序，三门均到达终点后方可走大门。注意，四队装备与回路共享，阴阳、阳炎等迷宫必备回路及部分回复CP饰品可通过拆卸重复使用；但四门最后一战同时进行，无法调整装备回路，因此仍需为每名队员的最后一战准备充足回路（防具可在幻影城拾取）。
先介绍左门。每门均有大量最终装备，切勿遗漏。中途遇中BOSS，注意防御即死、混乱等状态；若陷入困境，此战允许逃跑，可退出重新调整后再战。前进至回复装置处，卸下给其他队伍的回路，调整本队装备回路，存档后继续前进，镜头将切回幻影城入口，继续选择队伍。
右门中BOSS不会使用异常状态攻击，只需注意回复即可通过。前进至回复点，调整后继续前进。镜头切回入口，此次选择正门。
正门中BOSS会混乱和气绝，防御好后很轻松，前进至回复点，调整后继续前进。
最后是大门队伍。大门敌人实力最强。中BOSS与左门相同，会即死攻击，注意防御。到达回复点并做好最终调整后前进至大门处，剧情选择“打开门”将开始最后BOSS战，注意此后连战无法中途调整装备，建议先存档再推进剧情。BOSS战为四连战，需四门队伍分别击败四个BOSS方可通关。
左门BOSS金色巨人，会黑暗和气绝攻击，建议开场爆发S技清场，之后集中火力消灭金色巨人。
右门BOSS为T-幽灵，实为FC BOSS加强版，战斗方法相似，注意回复及时，同时注意敌人AA抵消弹会打断我方魔法吟唱。
正门BOSS为神龙，注意防御混乱和气绝。对方会使用根源屏障，因此此战魔法角色仅能辅助和回血。
大门为游戏最终总BOSS“世界之意志”。BOSS首次行动会使用“炼魔招来”召唤七个属性的圣柱，柱子对应属性，仅对应属性魔法及无属性物理攻击可对其造成伤害。柱子全灭前BOSS本体无敌，期间敌人仅使用魔法“七曜危机”，伤害随柱子减少而降低，初期七根柱子状态下若未防御易灭团。柱子清理完毕后可攻击BOSS本体，此阶段BOSS会召唤小怪（攻击力强，死后自爆，还会使我方人员消失），使用“邪光波·蛇神之预言”后使用“圣痕炮·星球之毁灭”，圣痕炮杀伤力极强，通常情况下仅满血金和导力装甲状态的提妲能残留HP，其余角色会被满血秒杀，因此对方使用邪光波后务必为全体队员套上护盾。
本战有两种策略：第一种是在敌人召唤圣柱前消灭，此法多为高手使用，需精确控制AT栏，作战队员通常为连锁组或理查德等，此处不详述；多数玩家的玩法应为：凯文S技设为星杯领域，开场全员不进行物理攻击，仅使用“时间加速改”、“星之守护”或“强音之力”等魔法提升速度、攻击力等，对方召唤七根柱子后全员使用对应魔法或物理攻击柱子，由于七曜危机吟唱时间长，在释放前保证放出星杯领域即可。队伍中若有一名拥有全屏S技的队员，战斗会变得容易（凯文的两个攻击S技和理查德的残光破碎剑均有属性，不可随意使用），多用莉丝的“圣洁祝福”为需要CP的队员补充CP。清完柱子后注意全员时刻保持护盾，之后物理系上前慢慢攻击即可确保获胜。
战斗后为漫长剧情，角色间相互告别的剧情十分感人（许多角色此后不再出场，请珍惜），游戏结束。