游戏开始后跟随梅根去见萨里夫，到达办公室时实验室突然发出入侵警报。萨里夫命令你乘坐他的电梯前往查看，电梯密码为0451。下电梯后走到关闭的玻璃门前，发现几名研究人员已被改造者杀害。进入旁边房门，穿过四周燃烧的房间，搬开墙边箱子进入通风管道，继续前进来到大厅，遇到两名敌人，此时可以熟悉操作。本作的关键机制是掩体模式，无论潜行或战斗都必须使用。在墙壁或其他掩护物旁按鼠标右键进入掩体模式，在掩体中可进行盲射，若想精确瞄准则按前进或左右移动键探身射击。当掩体边缘出现提示时，按空格键可自动转移到其他掩体后。
消灭敌人后到达楼上大厅，同样解决其中敌人进入走廊，看到保安和研究人员被一名隐身的女子杀死。通过研究员被杀后开启的玻璃门，进入大厅遭遇多名敌人，解决后出门触发剧情。主角因受到改造者攻击生命垂危，被进行了改造手术。
萨里夫工业遇袭：开始去找皮查德维修调试视觉系统，然后去停机坪找马利克搭乘飞机。在飞机上得知某公司被恐怖分子劫持，萨里夫派你去取回台风武器，并会询问你准备采取致命还是非致命手段，该选择将决定你的初始武器。武器分为近程和远程两种类型，选择致命手段的近程武器为左轮手枪，远程为突击步枪；非致命手段则为电击枪和麻醉枪。如何选择取决于你偏好潜入风格还是强袭风格。
与SWAT队长交谈后出门，从屋顶顺着梯子爬下，直走左转会遇到一名敌人。潜行到其背后按Q可将其击昏或杀死，需要消耗一格能量。需要注意的是，如果较近范围内有其他敌人被杀死，会立刻引起他们的注意；而被击昏的敌人被发现后才会引起注意。杀伤性武器和非杀伤性武器效果同此。本作的玩法非常开放，除了直接与敌人交火，同样鼓励潜入和隐蔽杀敌。例如解决首个敌人后，可以跳上集装箱，从梯子爬上房顶后进入通风口直接进入室内，当然也可以利用地形躲避敌人而潜入。
解决或避开第一层的敌人、仓库和走廊里的敌人后，需要黑掉一扇安全门。进入装配大厅解决里面的敌人，上到对面的二楼房间，里面关着被劫持的人质。进入后毒气炸弹会立刻开始倒计时，你只有26秒的时间黑掉定时器，如果失败人质都会死亡，所以进房间前建议先存档。
进入走廊后注意监视器，趁它转到其它方向时跑到监视器下方，等再次转向时离开。注意尸体或被击晕的敌人同样会被监视器发现，所以应该在它转回来之前拖到看不到的地方。经过走廊再次进入一座大厅，清除其中的敌人后乘电梯上到服务器室。建议从右侧的通风管道直接进入控制室，因为前面过道里有一台炮塔。进入控制室后发生剧情，过后从主控室上电梯。出电梯后解决其余的敌人，会遇到挟持着人质的恐怖分子头目齐克·桑德斯。你可以选择杀了他（人质会死）、放他走（人质也会死）和说服他放了人质。前两者基本没啥好处可捞，说服他的话以后会有收益。连续3次选择下面的对话选项就可以说服他，和人质对话后去找马利克返回萨里夫工业，任务结束。
回去公司和萨里夫对话后，他会让你去警局查看死去黑客的尸体，以期找到更多袭击者的线索。来到警局，当要靠近进入内部时会遭到阻拦。如想强制进入，整个警局都会进入敌对状态。和门边警卫、你的老同事韦恩·哈斯对话，他因两年前一次任务而对你耿耿于怀，拒绝让你进入。依照下-右-左-右的对话顺序可以说服他让你进入。被允许进入警局后下到最底层的停尸间，搜索黑客的尸体拿到芯片。带着芯片回到自己的寓所，使用电脑分析后得知入侵公司系统的黑客另有其人。