神秘岛系列围绕着一段已被遗忘的德尼文明展开。辉煌一时的德尼文明因族人的傲慢而消逝在历史长河中，幸存者散居于被称为“时代”的独立空间。通过传送书，人们可以在这些割裂的时代间穿梭。
故事的主角是半德尼人亚崔斯，他毕生致力于发掘德尼文化。他的子女西路斯、阿克纳和依莎都曾在系列中登场。本作的焦点是亚崔斯的小女儿依莎，她被困在神秘岛中，请求偶然闯入的玩家——也就是你，帮助她寻找黄金石板，将其从时代的束缚中解救出来。
游戏常用术语解析： K'Veer：起始洞窟 The Great Shaft：大楼 Direbo：平静时代 Taghira：冰雪时代 Todelmer：星空时代 Noloben：夕阳时代 Laki'ahn：石岛时代 Slate：石板，核心解谜道具 Bahro：巴洛，神秘生物，也是游戏的重要线索。
玩家扮演误入神秘岛的局外人，通过寻找传送书、解开谜题，逐步了解德尼文明与亚崔斯家族的故事。本作的主要目标是在大楼中找到通往各个时代的传送书。每个时代都藏有解开黄金石板的机关。玩家需不断寻找传送印记，解开谜题，最终获取气泡传送装备，解除黄金石板的封印。
游戏的核心机制在于操控石板。当玩家找到特定印记后，将其画在石板上并放下，巴洛便会现身执行指令。如果是空白石板，巴洛会将其带回气泡传送台；如果是传送印记，巴洛会将石板送往对应的传送台，玩家便可借此进入新区域；如果是动作印记，巴洛会召唤风雨或蒸汽等自然现象。印记可通过解谜或在书籍、墙壁等处发现。
【重要提示】游戏存在一个致命BUG：若将石板放置地面过久，巴洛虽会将其放回传送台，但石板有时会凭空消失，导致游戏卡死。建议玩家勤存档，并尽量随身携带石板。
神秘大楼：冒险的起点
作为访客，我再次踏入神秘岛的世界。眼前是一座神秘建筑，沿着蜿蜒的走廊前行，顺手拾取路边的蓝色水晶球（用于记录，务必获取）。走廊尽头是被彩色气泡环绕的神秘装置，旁边站着自称依莎的女子。昔日的小女孩如今已成老妇，令人唏嘘。她反复强调黄金石板、力量与解放。无视她的唠叨，走进气泡，将手放在台上，传送门将我送至小岛，剧情人物埃史大叔登场，他的话语与依莎大同小异，虽多为废话，偶尔也透露线索。
绕过巨石进入背后的洞穴，这里隐藏着所有时代的大门。右转进入房间，找到第一本传送书，并收集依莎的日记（共12册，揭示黄金石板与依莎的背景）。触摸传送书，真正的冒险就此开启。
平静时代：中转站
传送书的目的地是平静时代，但这只是中转站。此处的气泡传送台可将玩家送往真正的目的地。四个传送台之间有栅栏阻隔，完成一个时代后即可打开栅栏返回大楼。
冰雪时代：冰原解谜
冰雪时代是首个挑战。出发前务必带上石板，这是唯一的工具。埃史大叔再次出现，无视他。面前是死路，冰窟缺口外并无特殊，但地面有裂缝与石板标记。放下石板后退，巴洛现身踩碎裂缝。
跳下石窟，爬上简易传送台。由于石板无法携带，记下传送标记后返回。石板已被巴洛带回，在石板上画出标记并放下，巴洛将其送往传送台，激活传送。此方法是后续解谜的核心。
简易传送台旁的墙壁绘有太阳般的神秘标记，需牢记。前方装置中间是小屋，墙上有地图，后方是厚冰冰原。冰原融化前无法通行，需操作左右各三个阀门（共六个）。首先将所有阀门拧至右侧。
冰原上的线路图与小屋地图一致，需让3红3蓝开关接通。蓝色开关为右左左，红色为左右左。开关位于冰原两侧装置上，无法直接触碰。埃史大叔曾提及“光与热”，结合墙上未使用的标记，画出后巴洛召唤蒸汽。趁蒸汽未散，快速调整开关，通过冰原（蒸汽消失后可用石板再次召唤）。
路尽头是气泡传送台，但地面突然裂开。抄下印记召唤巴洛，通过传送台解开冰原时代的封印。黄金石板上的四个卡口代表四个时代，每解一个即终结该时代。
星空时代：星辰与机关
返回大楼，进入左侧房间，找到两个可扭动的开关（其一已损坏）。拧开完好的开关，暗门开启，通过升降梯进入下层房间，找到通往星空时代的传送书，并收集依莎的日记第四、五册。
星空时代是游戏中最美的场景，繁星与弧光悬挂天际。沿路进入红色控制室，中央有四个控制台（左二右二）。首要任务是找到电源开关（位于控制台后），慢慢调整左右旋转杆，直至中间完全发光（位置随机，需耐心调试）。
走出控制室，前方路被杂物堵塞。返回控制室，操作右下角损坏的控制器，将拉杆拉至最右和最上，障碍清除。最上层有观察室与天文望远镜，使用望远镜观察对面墙壁，发现由缺口与德尼数字组成的印记（右上缺口代表右一控制器，德尼数字代表位置）。继续观察，对面悬空平台有望远镜与传送台，但印记模糊。