首先介绍神秘岛世界的背景。该系列构建了一个名为德尼（D'ni）的架空世界，与现实世界重叠。德尼人通过特殊工艺制作的纸墨书写传送之书，描绘世界时便成为通往该世界的大门。著书者可借助神秘力量激活书籍，并通过连接之书进入书中世界。
故事始于1994年，玩家偶然翻开一本《神秘岛》，将手放在书页上后穿越到书中描述的荒岛。在寻找归途时，会发现连接其他岛屿的书籍，其中囚禁着Sirrus与Achenar兄弟。最终玩家遇见他们的父亲Atrus并协助其脱困。本作剧情紧接神秘岛I的结局。
Tomahna世界：玩家与Yeesha乘缆车前往动力室，Yeesha已成长为少女。途中她教授照相机使用方法。抵达后Atrus出现，提及儿子们的困境并请求帮助。水晶观察台故障，Atrus指导玩家进行调整。
谜题1：声波调频。遵循Atrus指示操作：左移滑条；左圆盘（振幅）右移；中圆盘（频率）右移；右移滑条；左圆盘右移；右圆盘右移。设置第二组信号时，滑条右移后将左、中、右圆盘各右移45度，滑条左移，左圆盘右移45度，右圆盘右移45度，微调中圆盘。调试后设备爆炸，Atrus乘滑缆离开，指示寻找Yeesha。
动力室中可乘升降椅至下层，控制杆下方的图标对应Catherine书房的电源箱。因动力故障，升降椅无法到达最底层。首个温室可下行拍摄石板图案，第二个温室遇见Yeesha，随后在Catherine书房再次相遇。Yeesha提示通过电源箱调节电量。拉下水泵把手后，调整紧急电源恢复电力。
谜题2：水泵谜题。上方6个图案中，第3和第4对应水泵。需将电量调整为5格：通过下方按钮D1/E4/C5/F1/F3确认，恢复水泵运行。
离开水泵后目睹Yeesha走过，随后爆炸导致右手通道损毁。电力恢复后，玩家返回动力室寻找联系Atrus的方法。
谜题3：动力室谜题。拉下峡谷地图旁手柄打开天井，乘升降椅至望远镜处接通水晶观察器电力。在Atrus书桌抽屉找到日记，拍摄水晶排列图页。调整观察器旁的滑条和滑轮，按日记指示设置形状6、3、8、8、2，确认后接通Atrus通讯，得知Yeesha失踪。
Atrus日记记载建造Rime水晶装置的过程，以及对Sirrus与Achenar兄弟的担忧，并包含水晶组合图示。游戏中共有7本日记，精读可了解背景故事。Zip Model系统可快速传送至已访问地点，选项中的提示系统提供帮助。
谜题4：壁炉谜题。在Atrus卧室书桌找到提示，点亮床头和桌上的灯，进入壁炉获得Yeesha的水晶项链，可用于重温记忆。按下按钮打开面板，依次点击C6、E8、F6、B2、C1、D3、D4激活升降梯。
乘升降梯至下层，拉下圆球把手进入旋转装置，停止后开启通往Sirrus与Achenar囚禁年代的书籍。首先前往Spire世界。
Spire世界：下行经过损坏的升降梯，至平台观看冰雕并使用项链查看Sirrus记忆。滑下冰道至RockingStation。需收集Sirrus日记和设计图纸解开谜题。
谜题5：飞船谜题。需激活飞船控制台7格电力使飞船升起。操作控制台：右、左、右、左、右移动滑杆，推开石块进入花园控制室。打开开关后左、右、右移动滑杆，返回RockingStation乘飞船至主控制台。
谜题6：升降椅谜题。底层升降椅需36格电力，总控制台提供29格，RockingStation提供7格。操作总控制台：右、右、左、左、右移动滑杆激活29格，关闭花园控制台。乘升降椅至下层，调整齿轮和滑块解开密码锁。
谜题7：密码锁谜题。收集7片设计图纸和音谱，底层齿轮从左至右拉下3、2、6格。调整滑块：6-12-4、3-1-7、10-5-5、12-12-12，快速按下蓝色按钮打开椅子。
前往Sirrus炸弹厂，找到日记记载炸弹制造工艺和对Yeesha的妒忌。
谜题8：炸弹厂谜题。将滑块拉至制作炸弹侧，移动盒子至左侧。升降椅滑块调至12格使炸弹掉落炸开石头。拍摄升降椅手柄下的颜色排列，此组合随机生成，用于最终密码门。
Sirrus日记概要：第一本记录发现浮石和制造飞船逃离的过程，表达对被放逐的不满；第二本记录Atrus带Yeesha探望时的妒忌，形成疯狂计划。
Haven世界：通过连接书返回Tomahna，前往Haven。使用记忆水晶发现Yeesha匆忙经过的痕迹。离开传送间有三条岔路，左侧发现Sirrus的炸弹和打斗记忆。
谜题9：废船谜题。在升降椅旁将3个铁球放入破损箱子，再将2个铁球放入另一箱子。转动转环提升箱子，拉动拉杆至下层，推出箱子压下机关放下吊桥。
废船中找到Achenar日记，记录岛上生物和动物分布图。返回岔路右侧，被猴子生物引导至丛林，发现锁住的门和树屋，隐藏吊桥图腾谜题线索。
谜题10：图腾谜题。树屋内有三个圆盘，需转动吓跑猴子。第三个圆盘转3圈，第一个转1圈，或根据声音匹配（右3声左1声）。吓跑后拍摄图腾柱照片，图腾顺序为Cerpatee、Camoudile、Mangree、Karnak、Zeftyr，最高柱子无图案需置于顶端。