根据剧情，《忍者印记:重制版》中，一名忍者——Champion——必须消灭Gessen组织。为此他潜入一栋建筑，关闭供给系统，消灭守卫并取走隐藏的设备。这个任务让我们了解主角的行为，还展示了给他施加特殊诅咒纹身的场景，这种纹身能增强忍者的反应速度、记忆力、视力和敏捷性。从这时起，我们的任务变为解放其他忍者并彻底摧毁Gessen。 在每一关中，我们都会遇到陷阱、逻辑谜题和任务，完成这些会获得分数。例如，无声暗杀能得到3分。积累一定分数后，你可以研究新忍术、购买原创的忍者刀、提升旧盔甲质量或购买新装备。此外，每个关卡都有3个奖励任务，完成它们你会得到符合该地点氛围的特殊服装。 所有关卡都包含Hisomi卷轴。找到它你能获得额外分数。找到关卡中的特殊文物，你会得到数千分。如果多次重复游玩，关于忍者Champion的故事会更有趣（整个剧情战役不超过4小时）。通过Game Plus模式，你可以用积累的分数、技巧和装备再次体验剧情。
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