第一代《孤岛惊魂》凭借其出色的画面表现、开放世界设计以及高水平的人工智能，成为了上一代主机和PC平台的重量级作品。育碧蒙特利尔工作室在打造续作《孤岛惊魂2》时，继承了前作的诸多优点，包括精美的场景刻画、智能的敌人AI以及沙盒式的游戏玩法，同时引入了全新的故事背景、游戏设定和人物角色。这既给玩家带来了新鲜感，又保留了熟悉的味道。
本作在剧情上与前作并无直接关联，尽管两代主角都是典型的美式硬汉形象。新作的主角是一位类兰博式的雇佣兵。前作中玩家需要保护一名神秘女子，而本作的目标则是摧毁名为“豺狼”的军火贩子。玩家对主角的过往知之甚少，但在追捕“豺狼”的过程中，他不可避免地卷入了非洲的内战漩涡。玩家可以选择帮助或敌对不同的内战势力，这将直接影响游戏进程和最终结局。
在育碧提供的试玩版本中，包含了一个发生在阴暗沼泽地带的任务。游戏开始时，主角需要与线人弗兰克接头。弗兰克交给玩家的任务是协助他炸毁一座广播塔，以破坏敌方的宣传攻势。在答应弗兰克的请求后，玩家将与NPC华伦一同前往敌方控制的区域执行任务。
与其他沙盒游戏类似，玩家在《孤岛惊魂2》中会遇到众多NPC，可以选择帮助他们或置之不理。如果你帮助了NPC，他们会在未来某个时刻给予你回报。游戏新增了一项“伙伴救援”功能：当你与某个NPC建立联系并获得其帮助承诺后，在后续的战斗中若被敌人击倒，该伙伴会赶来救援并协助你作战。这种救援机会通常只有一次，不过你可以在任务结束后再次与伙伴交谈，重新获得他的援助承诺。