Tomahna世界
玩家与Yeesha一同乘坐缆车抵达Tomahna，这里是她的居所。故事发生在前作十年后。在与Yeesha交谈途中缆车暂停，需使用左下角的相机拍摄沿途的线索与美景，这些影像将作为后续解谜的重要参考资料。缆车停靠后，Yeesha与玩家分别扳动拉杆进入建筑，内部是一间天文实验室，见到了男主人Atrus，他请求玩家协助调整信号频率。
实验室右侧的接收机包含两个显示屏、滑杆、滑块及三个波形调节旋钮。修复信号的操作步骤为：先将滑块移至最左，左旋与中旋右转，再将滑块移至最右，左旋与右旋右转；随后滑块回左，三个旋钮均右转45度，滑块再移至最右，左右旋钮右转45度，最后微调中旋直至曲线重叠。操作完成后机器爆炸，Atrus离开实验室。
为修复岛上电力，向前在墙上发现两张电力结构图并拍照记录。打开电梯进入，将拉杆扳至第二层下降。出电梯后可见空中栈道连接的温室群。进入第一间温室，沿竖梯下层，石碑上刻有家族名谱，需拍照记录，这是解开Yeesha卧室谜题的关键。第二间温室暂无线索，前往第三间温室时，见Yeesha捕捉绿色爬虫。
穿过温室来到Y形铁桥，右侧山谷中找到水力发电装置，拉杆前的橙灯闪烁表示机器运行，需关闭拉杆停止发电。返回植物实验室与Yeesha交谈，她指出控电箱异常。调查控电箱，其上有六排小灯与两排按钮，右下为确认键，左下为复位键。按顺序点击按钮：5、7、确认、5、10、确认、1、8、确认、1、12、确认、2、9、确认、3、12、确认，完成后蓝灯闪烁，控电箱关闭。离开时听到笛声，返回第一间温室下层见Yeesha吹奏陶笛。回到发电装置，点击黄铜按钮启动机器，水坝闸门打开，电力恢复。返回Y形铁桥时见Atrus身影闪过，随即桥面崩塌坠落。
夜晚醒来，从水中爬回断桥，穿过温室找到电梯，前往天文实验室解决水晶谜题。在书桌抽屉中找到Atrus的日记，内有五色水晶排列图，需拍照备用。在圆形窗户上方的天文望远镜旁，扳动拉杆打开穹顶，坐上椅子升至望远镜前，调查望远镜后点击天线按钮变为橙黄色。返回下方设备，监视器下方有五个放置水晶的格子，右侧面板可调节水晶颜色与形状。根据日记提示，正确排列为：红-6、青-3、黄-8、绿-8、蓝-2，完成后接收到Atrus关于电磁风暴的警告影像。
乘电梯至三层，穿越水面进入Atrus夫妇卧室，调查书桌与床头柜各找到一盏台灯并打开开关。钻入壁炉，拾取Yeesha的项链，点击闪烁的项链可观看Yeesha逃跑的记忆影像，游戏中经过记忆点时项链会发光。回身见地上两道光束投射墙壁，需将墙上有亮点的方格翻为红色。设横向编号1-8，纵向A-F，点击顺序为：B2、E1、D3、D4、F6、E8、C6，完成后脚下降板开启，进入山洞。向前扳动拉杆，球形装置打开圆门，进入后扳动手柄，出现通往Spire与Haven的传送书。
Spire世界
从传送小屋远眺，乌云密布。在椅子旁找到书籍，项链发光提示点击收听对话。沿石阶下行，途中坏掉的电梯是最终出口。抵达庭院废墟，墙上有Atrus一家雕像，左侧石梁通向码头，右侧石桥通往电梯。乘电梯至山腰花园，沿绿光石板前行，调查石桌上Sirrus的日记提及飞行船。花园另一端竖梯旁的铁盖板需从码头开启，竖梯另一侧有床铺、石案与水晶，案台图纸需拍照。
床铺对面管道可跳至蜘蛛形机械椅，需36单位电力才能降至底层。花园控电箱最大供电4单位，爬竖梯找到它，打开盖板并接通电源，按左、右、右顺序操作滑块，亮起两灯表示供电2单位。返回庭院石梁，跳入管道滑至码头，调查左侧控电箱，按右、左、右、左、右顺序移动滑块，亮起七灯表示供电7单位。飞行船升起后爬梯进入，飞向对面小岛。
登陆小岛，沿石梁跳至下层，发现卡住的锈蚀齿轮。调查右侧绿色水晶石块，弹掉水晶后再次扳动齿轮，链条开始运作。返回上层，找到另一控电箱，最大供电34单位，按右、右、左、左、右顺序操作滑块，亮起29灯表示供电29单位。乘飞船返回主岛码头，爬竖梯打开盖板回到花园，切断花园控电箱电力。此时总供电为(2+7+29)-2=36单位。
从花园管道跳回机械椅，按下蓝色按钮降下控制面板，扳动左上蓝色手柄逐层下降。途中见小水晶像，降至第三层时点击泛光盖板，按下蓝色大按钮掉落至最底层。此处有三只齿轮，根据Sirrus资料，将第一只移至第四格、第二只至第三格、第三只至第七格。完成后按蓝色按钮返回三层机械椅。
前方有四道锁，需调节供电量使它们同时振动。操作上方三只滑块，对应关系为：石锁(10-5-5)、蓝水晶锁(3-1-7)、石英锁(6-12-4)、铁锁(12-12-12)。按6-12-4、3-1-7、10-5-5、12-12-12顺序操作，四锁同时打开，空中降下石桥。
过桥找到炸弹工厂，右侧铁盒滑块右拉启动机器。将铁桶拉至左侧，观察机器刻字12-12-12，返回椅子将三滑块调至12，水晶掉落引发爆炸清理工厂。进入电梯调查怀表，转动盘子记录六个圆点颜色（此颜色随机生成），用于第四世界门锁谜题。乘电梯返回山顶，通过传送书离开。
Haven世界
传送小屋内有Yeesha记忆残留。出屋右行，石块下压着半截水晶像。由山洞爬至山顶岔路，左侧通悬崖，右侧入森林。沿绳梯下至海边，海怪化石旁找到图腾，记录头像、爪子与符号（此为正方形）。岛上共有五只图腾，代表不同动物，需拍照记录。
沿海滩石路见失事海船与起重机。将地上三枚炮弹放入左侧吊篮，再将起重机内旧箱拉出，推入两枚炮弹后拖回。转动手轮升起吊篮，扳动拉杆提升厢体。将厢体内箱子推至吊篮木板，吊篮下落接通断桥。过桥进入海船，上楼见海鸟吃鱼，沿绳网下至走廊尽头，桌上草图记录动物爪痕与食物，需拍照。船舱内气囊喷出孢子粉，可使动物昏迷。
返回起重机，拨动销锁降下厢体，爬绳梯回山道。左转见箱子与帐篷，接近时坠落至森林。醒后见猴子逃窜，沿小路至空中狩猎小屋，爬绳梯进入，拉下画轴见金字塔形动物爪印图（食物链），需拍照。屋外图腾被猴子遮挡，转动三只轮子发出特定音长（轮三长、轮一短、轮三长）驱散猴子，拍摄图腾。
退回帐篷，沿林间小路可至海边草丛与沼泽湿地，分别找到第三、第四只图腾。穿越森林观察动物相克关系。沼泽木栅门需解谜：按步骤移动滑杆与销针（上销插中框、中框左移两格等），最终开启栅门，找到第五只图腾并拍照。
沼泽木台前方水中竖立手形桥板，右侧机关谜题需提起吊环，拨动五根骨头调整图形。根据动物食物链，正确顺序为：正方形、正中三角形（各角带三角）、四瓣花朵形、漏斗形、横向S形。扳动手轮接通手形桥。
过桥至海边小屋，一层桌板与箱盖有两张猴子草图，爬梯至二楼桌上找到第三张，掀开油画布找到第四张，全部拍照记录黑条长度。沿林中小路前行遇野兽，改道爬树顶平台，见四只猴子玩耍。野兽冲来时，猴子躲回巢穴。平台上有三只发声轮子，根据猴子编号A、B、C、D，按顺序召唤：A（轮一短、轮三长）、B（轮三长、轮二短）、A、C（轮一长、轮二长）、D（轮二短、轮一短）、A、B、C、B、A。白猴子位于最左巢穴，野兽落入中央坑时，按轮三长、轮一短、轮二短召唤，白猴子投掷果子砸中孢子植物，野兽昏迷。
爬下平台，沿小路跟黑猴子至树屋，找到衣物、字条与怀表。沿藤网空中通道至尽头，坐上藤椅飞行器，触摸右侧第四根黑线四次（右向左划动），红蟒蛇出现后点击其头部，蟒蛇飞走。扳动拉杆，飞行器穿越丛林海岸着陆于传送小屋附近。
Serenia世界
返回Tomahna世界，离开卧室至河边转动手柄接通活动桥，过桥至厨房餐厅。桥头另一手柄将桥接通至Yeesha卧室，调查书架十六本书，对照温室下层宗谱，按辈系顺序12、6、8、3、14推动书籍，书架降下露出地道。地道尽头画架前找到Serenia传送书（需完成Spire与Haven谜题）。
走出传送屋，过小桥见空中气泡，左转石林有鸟儿精灵。河边水车是灌溉系统一部分，岛上共四部相关机器。先前往海边庭院，遇敲钟守护者，院中亭子再遇第二名，海边码头遇第三名。海边见Yeesha哥哥抱水晶逃窜，后续在记忆房间潜水装置旁三次遇见。海边庭院地上有灌溉水流走向图，需拍照记录。
站水车右扳手轮，左侧水道断流。回路口过桥左行，上平台将左侧滑轮右移套入轴杆，站手轮将轴杆移最右，再侧面将滑轮左移。下梯拉吊柄，右侧水道闸门升起，机器下水道断流。回岔路口右行，见篝火祭坛与水精灵。左侧第三部机器，扳手轮至最右，河道干枯。沿干涸水道穿石门，右路通潜水装置，左路断桥。跳下山涧入洞，爬竖梯至对面崖，调查装置手轮条纹，抚摸右侧第四横纹四次，红蟒蛇出现后点击头部，蟒蛇飞走，左转手轮打开右水道闸门。
回湖边庭院，关闭通往潜水装置的水道。遇三名守护者后入神庙，接到随机任务（如风神供品）。石林中找火神（篝火）、风神（石块圆圈）、水神（河中），对应供品为燃火液体、柳絮、气泡。手持供品走向元素神，点击消失，注意行走节奏。
海边记忆房间（大白花下），上二楼遇守护者zanika，躺石床进入梦境。观看幽灵动画后解颜色光球谜题，触碰光团变色，以白球为起点扩大范围，最终全白解开，了解三色混白方法。
回第三灌溉装置沿河道下阶梯，遇Yeesha哥哥后门反锁。右转见水力发电与潜水装置池塘，两拉杆控制升降与舱门。先开门、降下、关门，潜水装置沉入水中排水，再开门关门排尽残水，拉杆升起装置。
回地道尽头铁门，按按钮打开盖板，内圈按怀表颜色放六点，外圈根据梦境提示配另两色使每组三点调合为白。两种配色：浅蓝、粉红、黄；蓝、红、绿（顺时针）。放正18点后按按钮开门。
爬竖梯出破屋，上楼梯见被锁Yeesha。哥哥持弓弩闯入，选择相信哥哥，扳动机器手柄使Yeesha昏迷。哥哥离开后，坐铁椅望石碑入梦境。
Yeesha灵魂被困异空间，需用熟悉物件唤起眷恋。第一部分五道具（雕像、象棋、图腾、照片、书籍）按顺序排列：图腾象棋；书籍图腾书籍照片；图腾象棋；书籍图腾；图腾象棋；雕像象棋；象棋雕像象棋图腾象棋图腾象棋图腾；雕像照片；象棋雕像象棋雕像；象棋雕像（雕像完成）；图腾象棋图腾象棋；象棋图腾象棋；图腾象棋图腾；图腾象棋（象棋完成）；照片书籍图腾书籍照片；书籍照片书籍；书籍图腾（图腾完成）；照片书籍照片（照片和传送书完成）。
第二部分四道具（字典、氧瓶、铁椅、记忆存储器）按顺序：铁椅存储器铁椅字典；存储器氧瓶存储器氧瓶；存储器铁椅；氧瓶存储器铁椅存储器氧瓶字典铁椅（字典和铁椅完成）；存储器氧瓶存储器；氧瓶存储器氧瓶；存储器氧瓶存储器；氧瓶存储器氧瓶（存储器和氧瓶完成）。
谜题完成后醒来，Yeesha灵魂回归，上演兄妹感人一幕。Yeesha理解哥哥的良苦用心。主角返回Tomahna见Atrus，聆听最终感慨致辞。