《开普勒斯》允许玩家种植各式各样的作物。作为游戏的一大特色，玩家需要了解植物的整体效果并加以利用。植物同时也是基因模块分析的重要原料，影响后续的加工与制作过程。植物的作用效果介绍植物不仅是基因模块分析的关键原料，也是主要的燃料、食物和加工素材。玩家可以把种子带回家，进行大规模种植并定期收获，以实现自己的“小目标”。植物可在任何地形生长（除水域外），无需浇水；但通过制作耕地工具如耙犁等，可加速其生长速度。
