《毁灭战士：永恒》是毁灭战士系列的最新作，许多未玩过前作的玩家可能对其故事情节感到迷惑。下面将按时间顺序为大家介绍它的背景故事。
夜之哨兵和魅客天使
在宇宙中有一颗行星，因陨石的降临诞生了妖灵，妖灵又孕育了原始生灵。某种原始生灵在与其他种族的冲突中胜出，建立了封建宗教政权——努尔之环。努尔人信奉“迪亚格教派”，将妖灵视为祭祀对象，借助妖灵能量繁荣发展。努尔人以战士为荣，组建了名为夜之哨兵的军事组织；其中最强者被尊称为国王。政权由三位迪亚格祭司（亦即后来的地狱祭司）共同执掌。犯人不被监禁，而是被送入哨兵源地的竞技场，经过验证后可加入夜之哨兵。
魅客天使来自名为厄达克的高阶次元，是一支先进文明。与努尔人类似，天使族也是从“天父”中诞生的。每隔一万年，魅客天使会通过集体意识创造出领袖——魅客天使长。某日，他们发现了努尔星，降临其中，用科技施展奇迹，震撼努尔人民。由于魅客天使提供的保护远超妖灵，迪亚格教团迅速从妖灵崇拜转向魅客崇拜。魅客天使用科技武装夜之哨兵，让其在宇宙中征战并传播信仰，几乎无往不胜，甚至奴役了多支战败民族。
地狱
地狱是另一个高阶次元，宇宙中所有死亡的生灵会被送入其中。灵魂在此无尽游荡，并释放能量成为地狱的养分；残留的躯壳转化为各种恶魔。恶魔利用地狱能量获得作战能力，并通过传送门入侵宇宙，屠杀生灵以增添能量。
doomguy
doomguy原本是来自地球的战士，某种原因使他进入地狱。凭借顽强毅力，他在地狱屠杀恶魔，直至某日被传送至努尔星。夜之哨兵救治受伤的他并将其送入竞技场。虽然他无法理解地球语言，祭司们还是让他在竞技场中战斗。doomguy在竞技场中展现出无可匹敌的战斗力，震惊努尔人。魅客天使长发现他的天赋后，将其提升为努尔人，并纳入夜之哨兵。
入侵努尔
地狱不断开门屠杀，终于在某次传送门中闯入努尔星。夜之哨兵发现自己的武器对地狱生物效果有限，遂求助魅客天使。通过俘获恶魔研究，魅客天使发现恶魔利用的是生命精华能量，可被任何人利用。于是哨兵在魅客天使的帮助下开始使用地狱精华强化战力，魅客天使也意识到这能让其获得永生。哨兵开始进军地狱，获取更多精华，doomguy也参与其中。
亚金
魅客天使长决定在地狱建立灵魂尖塔——纳卡佛，以更高效地提炼亡魂的生命精华，并将其与妖灵能量结合，形成更强大的亚金能量。亚金被送往努尔之环供能，并部分由魅客天使独享。由于魅客天使无法亲自前往地狱，迪亚格教派的奴隶完成此工作。魅客天使长与地狱大君合作，进一步打开传送门，入侵其他世界以收集更多亡魂。
地狱的反攻
地狱对这种剥削不满，派遣一只巨型泰坦恶魔攻击努尔之环的主城狂喜。泰坦之力巨大，哨兵被迫撤退至塔拉斯那霸。此时魅客天使长的手下炽天使撒母耳将doomguy送往魅客科技结晶——神性机器，并赋予他匹配意志的无尽力量与敏捷。被强化后的doomguy以妖灵与地狱能量结合铸造的魔埚剑封印泰坦，并带领哨兵进行反击。
信仰的坍塌
哨兵部队在doomguy的带领下深入地狱，发现魅客天使长隐藏的灵魂尖塔真相——亚金所需的生命精华全部来自已故兄弟姐妹。此真相导致天使信仰崩塌，转而重回妖灵信仰。努尔人秘密联系原本怀疑天使的“非信者”，并在力量增强后公开此事实，引发内部分裂。
哨兵的终结
努尔人因灵魂尖塔的真相分为两派：夜之哨兵的反天使势力与坚持天使信仰的迪亚格教派。内战持续多年后，哨兵认为只有摧毁纳卡佛灵魂尖塔才能结束战事，遂派doomguy为首的精锐前往。却被迪亚格祭司暗中设陷阱，引诱他们进入恶魔埋伏。哨兵在失去同伴与援助后，被数千恶魔围攻，最终全部殒命。
DOOMSLAYER
尽管哨兵阵亡，doomguy仍然存活并留在地狱。受无尽复仇怒火驱动，他再次展开屠魔行动，实力大幅提升，甚至可击退泰坦恶魔。与地狱中的恶魔作战时，他被称为DOOMSLAYER。
UAC的崛起
UAC是毁灭战士系列中的核心公司，负责将亚金能源提炼到火卫一（火星）上。海登从BFG9000中获得BFG9000，并将其升级为BFG10000，建造巨炮防御恶魔侵袭。UAC总部被摧毁后，成为UAC地狱邪教的基地，恶魔从此展开对地球的入侵。
拉萨路计划
拉萨路计划是海登在火卫一部署的特殊研究项目，保存了地狱神器——地狱魔埚的信息。它通过在恶魔魔域中开辟次元井来稳定传送门，关闭次元井需要地狱魔埚。此信息后来成为doomslayer阻止地球入侵的关键。
VEGA
VEGA是火卫一的核心人工智能系统，负责维持火卫一的电力与防御。由于地狱打开传送门后，火卫一的电力几乎耗尽，Vega成为唯一能打开传送门的电源。doomslayer曾试图关闭Vega核心以阻止传送门，但未能成功。
阻止入侵
doomslayer在海登的指引下，先破坏地狱魔域中的设备，随后寻找并使用地狱魔埚，关闭地狱传送门，阻止地球被入侵。他在地狱与火卫一之间往返，最终将地狱的威胁彻底压制。
ARC的建立，以及UAC残党和UAC邪教派
地球人对地狱入侵的担忧促成了ARC的组建，海登担任最高指挥官。与此同时，UAC火卫一分部因总部覆灭而获得独立，利用BFG10000防御恶魔。海登夺走魔埚后，将其送至毁灭基地，准备同步轨道对抗外来威胁。
毁灭基地
毁灭基地原本是哨兵的前哨站，核心系统由魅客科技设计。海登在夺走魔埚后，将doomslayer送至此处，并使基地同步轨道在月球与地球之间运行。永恒开局时，毁灭基地已位于月球与地球的同步轨道上。