本作的故事采用被称为「书本模式」的系统，玩家通过阅读记事本中的章节来推进剧情。选择记事本上记录的章节会触发各类事件，而选择地图则会进入战斗章节。
进入战斗章节后，首先会接受任务简报，随后召开作战会议。在此阶段需要决定出击单位和初始配置位置，此时还无法获知敌方部队的具体部署情况。
战斗开始后首先进入「指令模式」，画面会显示地形、我方角色及部分敌方单位的详细情报。每回合开始时会补充CP（指令点数），消耗CP让单位行动，CP耗尽后回合结束。
操作单位执行动作时会进入「动作模式」，采用直接操作单位的方式，类似于第三人称视角的动作游戏。单位移动并执行攻击后会结束本次行动，可移动距离由各单位的AP（行动点数）决定。
操作单位时，其他单位（包括敌我双方）不会移动，但如果处于敌方单位射程内就会遭受攻击。需要注意的是，即使在自己的行动回合，也无法单方面发动攻击。
本作中，一旦被敌人发现，可能会遭遇新兵种「掷弹兵」的迎击。由于对方可能从我方视野外发动攻击，这点需要特别留意。
在动作模式中按下R1键可切换至「目标模式」发动攻击，但无法直接击倒敌人，会遭受反击。画面会显示进入瞄准范围的敌军单位信息、单次攻击可发射的武器数量，以及击破所需攻击次数等。瞄准头部等弱点可造成更高伤害，减少击破所需次数。
步兵单位每回合会自动恢复一定HP，承受过大伤害时可使用「急救拉古耐特」进行恢复。HP归零时会陷入「濒死」状态，此状态下经过三回合或被敌人接触就会「死亡」，死亡单位（除部分例外）无法再次使用。
陷入濒死状态时，让我方单位上前接触可进行「撤退」，避免单位死亡。成功撤退的角色可在下一回合后从据点等地重新出击。
本作中，陷入濒死状态时有时可发动「勇气」行动，分为「奋起」和「託付」两种，需在限制时间内选择。奋起可在一定时间内（AP计量表一条时间）无敌状态下移动并执行一个动作；託付则提升最靠近的我方单位能力（效果依濒死单位兵种改变）并恢复1CP。
此外，在地图上我方「据点」附近，单位防御力、HP和弹药恢复量都会增加，还可呼叫己方增援。若据点被敌人占据，需排除有效范围内所有敌方单位并接触旗帜，即可夺回据点。
