故事起始于基地成员的收尸工作。一位被称为'黑叔'的角色在寻找特定尸体，找到后进入了角色定制环节。该环节与《合金装备5：幻痛》中的设定基本一致，允许玩家创建女性角色，甚至可以将角色外貌调整得像年轻时的蛇叔。
剧情随后闪回至母基地遭受袭击的场景。这与《原爆点》中的情节相似，但这次是从主角的视角进行叙述。主角似乎与其中一位关键人物有着深厚的交情。
随着母基地的崩塌，主角摔倒后重新站起，目睹一名士兵正准备用火箭筒攻击Big Boss。主角果断开枪将其击毙。
然而，为何主角最终会变成一具尸体？
画面切换到黑叔与另一名男子的对话。该男子反对黑叔对主角进行某种实验，但黑叔自信满满地表示能够掌控局面。具体实验内容尚不明确，推测是黑叔试图证明自己的理论却遭到否定。
主角在异世界苏醒，并步入一座建筑物内。值得一提的是，本作新增了血量与体力系统，体力耗尽时角色将无法奔跑。
主角进入一个房间，正欲拾取尸体旁的枪支时，被一名士兵（暂称'墨镜哥'）制止。墨镜哥检查尸体时，尸体突然尸变将其扑倒，主角随即击毙僵尸，墨镜哥趁机逃离。
主角一路突围，被僵尸包围后拼命拉扯一扇门却无法打开。绝境之际，门被推开，墨镜哥将主角拉入室内并用柜子堵门，随后摘下面具。原来这扇门是需要向内推的。
黑叔告知墨镜哥他们身处异世界，建议先建立基地。随后主角制作了长矛，望见沦陷的母基地。画面转回母基地，天空出现虫洞，将'给枪哥'等人吸入。主角大喊Boss并试图拉回给枪哥，但虫洞在给枪哥被吸入后关闭，主角因未被吸入而坠亡。
黑叔透露曾在越南见过僵尸。当主角与墨镜哥靠近母基地时，飞来一个罐子，演示了手机的使用方法。