本作的战斗系统「BLiTZ」，是一个在回合制战略游戏中，融入动作性和即时性的独特系统。
故事模式被称为「书本模式」，玩家通过阅读记事本中的章节来推进剧情。选择已记载的章节会触发事件，而选择地图则会开启战斗章节。
进入战斗章节前，需先接受战斗概要说明并召开作战会议，决定出击单位及初始配置，此时敌军部署情况尚未可知。
战斗开始后首先进入「指令模式」，画面会显示地形、我方角色及部分敌方单位的详细情报。每回合开始会补充一定量的CP（指令点数），用于指挥单位行动，CP耗尽则回合结束。
地图上我方据点附近的单位，防御力、HP及弹药恢复量都会提升，且能呼叫增援。若据点被敌方占据，需清除有效范围内所有敌人并接触旗帜即可夺回。
操作单位执行动作时，会进入「动作模式」，采用直接操作单位的方式，类似第三人称视角的动作游戏。单位移动并攻击后即结束本次行动，移动距离由各单位的AP（行动点数）决定。
操作单位时，其他单位（包括敌我）虽不会移动，但若处于敌方射程内便会遭受攻击。需注意即便在己方回合，也并非能单方面发动攻击。此外，被敌方发现时，可能会遭遇新兵种「掷弹兵」的迎击，因其可能从视野外发动攻击，需格外警惕。
在动作模式中按下R1键，可切换至「目标模式」发动攻击，但无法直接击倒敌人，会遭受反击。画面会显示瞄准范围内的敌军情报、单次攻击可发射的武器数量及击破所需攻击次数等。瞄准头部等弱点攻击可造成更高伤害，减少击破所需次数。
步兵单位每回合会自动恢复一定HP，承受过大伤害时可使用「急救拉古耐特」进行恢复。HP归零时会陷入「濒死」状态，经过三回合或被敌人接触即会「死亡」，死亡单位（除部分外）无法再次使用。
陷入濒死状态时，我方单位上前接触可进行救助使其「撤退」，避免死亡。成功撤退的角色，下一回合后可从据点等地重新出击。
本作中，陷入濒死状态时有时可发动「勇气」行动，分为「奋起」和「託付」两种，需在限制时间内选择。「奋起」可在一定时间内处于无敌状态并执行一个动作；「託付」则提升最靠近的我方单位能力（提升效果依濒死单位兵种改变）并恢复1CP。
