游戏的主线剧情仅有三幕，若不沉迷于探索风景，流程会相当紧凑。建议在游戏前期集中精力完成主线任务，支线与收集要素可以暂时搁置。优先通关主线能为后续的收集和支线提供便利，下文将对此进行说明。此外，游戏初期有一个与序章相关的奖杯。
通关主线后，你将解锁以下成就： 1. 逃亡：完成序章。 2. 杀手新星：完成第一幕。 3. 进入：完成第二幕。 4. 没药了：完成整个故事。
游戏中的主线任务共有25个，部分仅需跑路或与人交谈，但绝大多数都鼓励玩家采用潜行暗杀的方式。游戏机制设定为一击必杀，无论是玩家还是敌人。如果你对弹幕闪避有自信，也可以选择正面硬刚。最终的三个金杯奖杯，正是对完美潜行与暗杀技巧的最高嘉奖。
与潜行相关的三个核心成就如下： 1. 忍者（Ninja）：全程未被敌人发现。 2. 浪人（Ronin）：消灭任务中的所有敌人。 3. 浪游忍者（Roninja）：消灭所有敌人且未被发现。
在执行任务时，留意查看任务信息中的特定图标。如果出现上述三个标志，说明该任务包含潜行挑战。若在主线或支线中未能达成全部条件也不必担心，通关主线后，你可以重新选择任务进行挑战。
Tokyo 42 的潜行系统并不复杂。首先，敌人的AI较低，只要保持一定距离或从侧面绕后，他们的警觉度就会迅速下降，且巡逻路线很有规律。其次，游戏中的存档点（咖啡机）分布密集。你可以利用附近的两台咖啡机反复存档。只要未被敌人发现或追捕，就可以手动存档。一旦暴露，选择自杀重来，之前击杀的敌人不会复活，让你有机会重新尝试潜行，这极大地降低了游戏难度。
此外，利用“制服切换”机制也能大幅提升潜行效率。游戏中存在五大帮派：西装团、朋克帮、工厂暴徒、迷你高尔夫球手和突击队。死亡画面会显示你死于哪个帮派之手。潜行时，按十字键上键打开武器环，将制服切换为目标敌人的帮派，再按十字键即可变装。注意，变装会消耗能量，若附近没有能量补充装置，应尽量节省使用。
最后需要区分制服变装与普通外套。外套仅是装饰，若在敌人视线内按圆圈键脱下外套，仍会被发现；但在敌人视线内按十字键上键切换制服，则能瞬间化险为夷。
