在即将抵达旅馆的途中，主角突遭剧痛侵袭，难以忍受的痛苦使其当场昏厥。苏醒后，发现一名身份不明的陌生人正在翻看其私人物品。此人态度恶劣，并声称掌控着所有人的生死。通过对话，主角得知自己感染了疟疾。最终，该陌生人留下一把手枪和一把砍刀后便离开了。
孤岛惊魂2全流程攻略解析
序章：初抵非洲与危机四伏的旅程
主角抵达非洲大陆，接待的司机在车上对迟到表达了歉意。车辆一路驶向目的地旅馆，沿途风光旖旎的非洲景色尽收眼底。虽然这片大陆显得朴实无华，但空气中却弥漫着浓厚的战争气息。
在即将到达旅馆时，车辆遭遇了一个检查站。司机与上前盘查的士兵交涉时，能明显感觉到这些士兵态度极不友善，检查站的设立似乎是为了保护某些重要事物。
抵达旅馆前，突如其来的疼痛侵袭而来，主角因忍受不住痛苦因而痛昏过去。醒来后，发现有位不明人士在翻阅主角的私人物品，这位不明人士似乎对主角非常的不满，并说明任何人的生与死都操之在我，对话中并了解到主角得到的是疟疾。到最后这位不明人士留下了一把小枪及开山刀就此离去!
主角苏醒后开始接受基础操作教学。首先穿过前方的门，左侧会出现一个堆满杂物的洞穴。根据提示按A键跳上箱子，再按B键蹲下通过小洞。经过一个小房间后，地上有一把G3-KA4步枪。走出门口，主角身处旅馆二楼，此时外面突然传来激烈的枪声。下楼走出旅馆大门，发现两队人马正在火拼，为了生存，主角被迫卷入战斗，清除所有阻挡在前的敌人。
在试图逃跑的过程中，由于敌方人数众多，主角难以抵挡猛烈的火力，最终不幸倒下（此为剧情安排）。