在《游戏王：决斗者遗产》中，DP（点数）的获取与消耗机制较为友好。一场胜利可获得约1500点以上的DP，即使失败也能获得500到1000点。进入对战后直接认输也能获得约500点。
卡牌抽取方面，一包8张卡仅需400点DP，而在特定卡店（如双六的卡店）只需200点，且包含大量实用卡牌。Battle Pack（即抽45或50张卡）也只需2000点。
每次对战无论胜负，都会额外奖励一张该角色卡组的卡，首次胜利更会奖励三张。若想快速获取DP，可以通过连续投降的方式刷取。
战胜敌人后会解锁其卡组，但在缺少关键卡的情况下仍无法使用。补充包商店和部分游戏模式需通过推进剧情逐步解锁。
卡组编辑器提供多种排序方式，按手柄X键可切换：名称、卡牌类型、攻击力（ATK）、防御力（DEF）、刻度、卡牌编号、怪兽种类、星级/阶级。此外，按两下LB可进入相关卡页面，再按X可按关联性、ATK相近、星级/阶级相近、DEF相近、种类相近或名称相近进行排序。
鼠标操作说明如下： - 左键：确认 - 右键：结束阶段/取消/返回 - 中键：检查场地 - 按键3：查看卡牌信息或名片 - 按键2：向左切换条目 - 按键4：向右切换条目 - 按键5：显示暂停界面 - 滚轮：上下滚动控制解说文本
关于DLC内容，其对游戏体验影响有限，Steam版玩家建议理性购买。3DM版本已集成全部DLC内容。