重返黑门监狱
首先需要透过下水道潜入黑门监狱。进入后先翻越正门解决守卫，随后从旁边的人孔盖进入下水道。在下水道中，利用爆炸胶破坏木板向下坠落，抬头可见绳索点。攀爬至平台后深入，利用遥控爪制造通道跨越通电水面。随后再次使用遥控爪搭建路径，攀上高台并炸毁左侧木板，滑翔至对面平台破坏电箱。
向拱形洞前的水面投掷黏胶手榴弹制造踏台，跳上去后用蝙蝠爪勾住内部的铁环将踏台拉至内侧平台，再用绳索爬上去。左转进入有开关的房间，按下开关后，立刻使用遥控蝙蝠镖飞向对面通电区域，将通电的飞镖绕至左侧撞击电箱。成功后水位上升，向水面投掷黏胶手榴弹制造新踏台，跳上去后用蝙蝠爪将踏台拉至木板前，炸毁木板继续前进。
接下来需要频繁使用黏胶手榴弹。先封住前方的两个排气口，继续前行封住下方的另外两个排气口。向水面投掷黏弹制造踏台，顺着水流前进。遇到横管需蹲低身子通过，通过后立刻向左侧排气口投掷黏弹。随后向右流动封住两个排气口，最后快速封住上方的三个排气口使机械停止。用绳索爬至上方平台，右转进入维修室。击倒囚犯后，使用电击手套启动发电机，电梯坠落。爬至电梯顶，利用绳索点攀爬并右转进门，钻过通风口进入最终的掠食者战斗。
掠食者战斗中，蝙蝠侠初始位置较低，地形复杂。建议先利用无声击倒削减敌人数量，再利用绳索爬至石像上保持安全。击倒所有囚犯后，前往中间房间解救Harleen。随后依照指引下楼梯，穿过几道门来到监狱B区，击倒一群囚犯。从着火的门处上楼梯，直行遭遇被囚禁的Deathstroke。
小丑胁持典狱长逼迫蝙蝠侠参与游戏：在班恩身上安装心跳探测器，连接至小丑的电椅。若班恩心跳过快，小丑会被电死。但班恩除非被杀否则不会停止攻击。蝙蝠侠面临两难：速杀班恩救小丑，或被班恩杀死让小丑存活。
头目战：班恩
第一阶段与之前类似，利用终极击晕、连击及B+Y拔管应对。交手后蝙蝠侠被击倒。高登赶来救援，小丑趁机打昏典狱长并挟持高登。蝙蝠侠急中生智，决定先让班恩心跳停止骗过小丑，再将其救活。第二阶段班恩的连续冲刺增至五次且不再使用药剂，破绽减少。建议在班恩冲刺间歇极力回避，待其释放冲击波虚弱时再进行攻击。
激战后，蝙蝠侠用电击制伏班恩，小丑误以为班恩已死。高登为典狱长挡下子弹（身穿防弹衣）。蝙蝠侠救活班恩后，班恩注射大量TN-1药剂变身巨型怪物。蝙蝠侠炸毁地板跌至下层牢房，准备伺机而动。
头目战：TN-1班恩
战斗无时间限制，切勿正面硬刚。策略一：从背后接近按Y键骑在班恩身上，当接近电网时出现X键提示，按下将班恩推去撞电网，随后利用其硬直用X键狂攻。策略二：躲在沟渠中，待班恩靠近按Y键跳出将其推去撞墙（伤害较低）。班恩受损一定程度后会干扰侦探视点，建议直接肉眼观察。
蝙蝠侠在药剂完全生效前打倒班恩，但遭突袭击飞破墙。班恩冲至两面电墙中间时，按RT键射出绳索困住班恩，利用电墙电流将其制服。班恩因药剂作用丧失记忆，蝙蝠侠身份得以保全。
与阿福通话后，回头见红灯闪烁，利用上方绳索点攀爬并钻过通风口来到死囚牢房。跳至下方平台见受伤典狱长，得知背后有狙击手。Killer Croc现身抓蝙蝠侠，高登及时用球棒制伏狙击手，Killer Croc逃走。击倒小丑爪牙后，高登留下照顾典狱长，蝙蝠侠前往教堂面对小丑。
小丑误以为蝙蝠侠杀了班恩，得知班恩未死后脸色大变。蝙蝠侠发泄式攻击后，仍选择将小丑打昏。高登赶到，对蝙蝠侠未杀小丑表示另眼相看，放弃持续追捕。小丑、Deathstroke与班恩等重刑犯被移监，高谭市计划重开阿卡汉疗养院。
故事结束。