《迷你忍者》是一款第三人称动作游戏，采用可爱的风格设定，因此相较于其他忍者题材游戏，缺少了一些杀伐气息。即使在困难难度下，游戏整体难度也较为适中。
游戏主角是Hiro，玩家可以拯救五位不同风格的忍者同伴。这些同伴可以在游戏中替换，但只有主角Hiro能够使用忍术，其他同伴只能使用消耗红色气值的大绝招。
在六位角色中，最实用的是主角Hiro、弓忍Shun和力士Futo。Hiro是全能型角色，能使用十二种忍术，通过收集白色花朵在祭台献祭获得。
Hiro的大绝招是瞬杀，可以跃至空中选择敌人进行一击必杀。随着等级提升，最多可同时瞬杀六名敌人。但瞬杀会受到地形阻碍、长枪兵阻断以及特定敌人免疫的影响。
弓忍Shun拥有最远的攻击距离，适合远程暗杀。他的大绝招是发射爆炸箭，对群体敌人造成巨大伤害。力士Futo则专门克制熊武士，通过连续攻击并按提示按键可击败它们。
游戏共有二十二个关卡，分为五个章节。每章从山谷或荒野开始，逐步推进到敌方城堡，最终进行Boss战。关卡中可收集忍术、花草、钱币、地藏菩萨像以及解救动物。
普通敌人分为刀兵、弓兵和枪兵，按颜色分为蓝色和红色两种强度。中型武士兵由浣熊变成，胆小易逃跑。特殊兵种包括鬼魂、熊武士、变形师、召唤师和幻忍。
变形师会将动物变成士兵，并用光球束缚玩家，需将其光球反击回去。召唤师会开启异界涌出士兵，需靠近破坏其法术。幻忍由猴子变成，耐打且会瞬移，建议使用Hiro的踢技或跳跃劈砍来对付。
Boss战难度较低，采用QTE系统，按照画面提示反复按键即可轻松过关。游戏整体偏向轻松休闲，适合喜欢可爱风格动作游戏的玩家。