《纪元：变异》一经上市便获得了热烈的好评，Steam当时评价为“特别好评”。然而，随着玩家逐步深入游戏，Bug、战斗手感与剧情争议等问题逐渐浮现，导致负面评价攀升，Steam现已降至“褒贬不一”，在1195条评价中仍有69%为正面。
在《纪元：变异》所面临的诸多问题中，剧情争议尤为突出。许多玩家认为剧情是本作的一大缺陷，甚至有人称其为“类似美末2的精神变态剧情”。
官方在3月20日晚发布公告，承诺修复Bug、改善战斗手感和剧情等问题，后续将陆续更新。
官方简要的更新路线如下：首先，我们将持续修复所有影响游戏体验的Bug，包括文字错误、镜头失误、碰撞穿模等，更新频率可能每日一次；其次，我们将逐步“润滑”战斗体验，通过优化主角操作、武器强度、特效及敌人行为，进一步提升战斗感受；最后，我们会新增主线及支线任务剧情，对争议剧情片段进行补全和优化，预计近期上线。