尽管《全面战争：战锤3》在媒体评测中获得了不少赞誉，主要集中在优化和修复方面，但实际购买了游戏的玩家却有着截然不同的体验，流畅度远未达到预期。
目前，该作在Steam上的评价仅为“褒贬不一”。除了集中的差评外，各大评测区和社交平台上，大量玩家都在反馈游戏的优化问题，即便是给出好评的用户也对此颇有微词。
部分拥有高端硬件配置的玩家反映，即便在高画质设定下也难以稳定保持60fps，有时甚至跌落至50帧以下。此外，游戏闪退的问题也时有发生。
不过，也有声音指出，在配置相对较低的电脑上游戏运行反而顺畅，甚至比前作的体验还要好。
性能下降的问题似乎集中在首日补丁发布之后。据外媒PC Invasion的编辑测试，安装首日补丁后的版本，运行效率相比发售前的评测版降低了21%至53%。
关于首日补丁导致负优化的具体原因尚无定论。有猜测认为是补丁与NVIDIA新版驱动不兼容；也有传言称补丁加入了D加密，但随后被辟谣称评测版早已包含该系统，故加密并非罪魁祸首。