《幕府将军2》的背景设定在16世纪中叶封建社会的日本。这个曾被唯一政府所统治的国家已分崩离析，落入诸多敌对派系之手。玩家扮演派系的大领主，通过军事交锋，经济和外交手段达成终极目标——将日本重新统一于他的权威之下，并成为新的幕府将军——战乱平息的国家中无可争议的统治者。
《幕府将军2：全面战争》包括该系列赖以成名的全3D的陆战和海战，以及被认为是“全战”系列精髓的策略战役地图。根据影响日本战事的经典兵书，已千余年古老的《孙子兵法》，AI系统得到了全新的设计，将兵法大师孙武的智慧融入了《幕府将军2：全面战争》。
